3D版邪恶的曲线

我的公众号biobabble第一篇原创文章《邪恶的曲线》,因为太邪恶,当时只推送给男性关注者,由于不是推送给所有人,所以历史记录是翻不到的,之前有再文字推送一下链接,结果评论区全是差评,我也是蛮囧rz的…

无意中我又翻到了一张2012年2月份画的3D版本,尽管你们要差评,还是想分享一下。代码就在截屏之中,想玩的话,可以照着输入,支持鼠标旋转哦,可以慢慢把玩(太邪恶了)。

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连遮羞布都不要,难道这是个一被子的故事?

事情开始于我整理并曝光了西安电子科技大学一个讲师读在职博士期间抄袭了两篇文章,并顺利拿到学位晋升为副教授的故事。

这个故事很精彩

亮点1: 期间发现了一条抄袭链,GOSim被DOSim抄,而DOSim又被HPOSim抄,抄袭者都在文章中把抄来的算法实现当成自己做的东西来介绍。

亮点2: ppiPre抄袭GOSemSim的文章,我跟BMC Systems Biology反馈了,而编辑部竟然各种包庇,最后抄袭者两面三刀,和编辑部黑箱操作,在未告知我的情况下,出来一个洗地的Erratum,把抄袭说成不好意思,忘记引用了。

整个过程连载于以下四篇文章中:

如果想要分享这整个过程,可以分享以下这个汇总的文章:

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薛宇这篇《BMC Systems Biology没有学术不端》写作水平还真是高啊,先来个不拉干的小事情,用了软件没引用,来铺垫并以此对抄袭事情进行定位/定性。再来一堆论据和结论不相关的逻辑来论证,好像很有道理的样子,不明真相(没有读我的4篇连载)的群众很容易就掉坑里了。

首先讲了他和R教授的故事,那只不过是用了工具没引用而已,和抄袭是两码事!试图把抄袭写成与此类似的「忘记引用」!

比方说我给R教授写信,就只是问有没有用我的工具。都是聪明人,话不需要说的那么透,点到为止就得了。那您要问,如果人家不回信或者耍赖说没用呢?很简单,三天不回信我会立马写信杂志社,说作者用了我的东西并且刻意没有引用也没有致谢,态度极其恶劣建议撤稿,并且把我三天前发的信抄给编辑作为证据。

为了把抄袭这种严重的事情与用了工具没引用这种简直太常见且不值一提的小事做类比,薛宇教授是用心良苦啊,把小事给说大了!

这就是牛逼之处,我不得不服,用小事与大事类比,将大事说小!将小事说大,让大事化小于无形中。

有德国学者使用了GOSemSim的代码设计了预测蛋白质相互作用的工具IntScore,发表在2012年的核酸研究上,作者专门写了一节来介绍GO的语义学相似性并且标明引用,所以这篇文章符合学术规范,没有问题。我们再看看DOSim,这篇文章里注明了GO注释的分析使用的是GOSim并且加了引用,所以也没有问题。

这段话很有水平,首先是不对等类比,以2012年NAR的符合学术规范的文章来类比一篇抄袭文章,试图化抄袭于无形中。

我们来看所谓的一节专门介绍和标明引用是怎样的:

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写了十几年的博客,虽然好早之前就发现一些博客文被《生信人》公众号抄了,但一直不愿意开公众号,去年年底尝试开个公众号,原创保护不给别人抄倒不是主要,而是我感觉到公众号已经绑架了中国人的阅读入口,可以尝试把博客文搬上来,这样大家可以在微信里搜到文章,有利于传播嘛。而我不是单纯为传播知识而来,而主要是推送我自己的东西,这在《为什么要开这个公众号》一文中已经讲了,维护我写的几个软件,花掉大量的时间,现在给我发邮件问问题,我基本都会让他们去biostars或bioconductor论坛上去问,公开交流有利于别的用户参与/学习,有助于减少重复解答,我也不断完善文档,很多问题其实在文档里都有答案,但人的天性就是懒、不愿学习(我在ggtree发布的第一篇文章里也提及了这点,说了%<+%操作符就是给懒人用的)。

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不知道空窗期这个词是怎么来的,按照合理的推论应该是来自于西方,泊来之词。

空窗期顾名思义就是没人来爬自己的窗户,引申出来就是没人来找自己约会。这个符合西方的建筑特点,西方的建筑是立体的,体现出来就是窗户多。而爬窗约会也多次出现于西方的文学和影视作品中。《红与黑》中就有于连拿着个梯子,爬窗去偷情的描写。

而我们中国人的建筑是平面型的,体现在墙多,所以说,中国人的单身阶段应该称之为空墙期,意谓没人来翻墙。

苏轼曾做过一首词,名谓《蝶恋花》。词中有云:

花褪残红青杏小。
燕子飞时,绿水人家绕。
枝上柳绵吹又少。
天涯何处无芳草。

墙里秋千墙外道。
墙外行人,墙里佳人笑。
笑渐不闻声渐悄。
多情却被无情恼。

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Guangchuang Yu

Bioinformatics Professor @ SMU

Bioinformatics Professor

Guangzhou