ChIPseeker是为ChIP-seq所设计的,因为当年我在做ChIP-seq,一不小心就写了这个包,然而我的知识是有限的,这名字取得太过于限定在ChIP-seq了,其实顺反组的其它类型的测序技术都是支持的,包括DNase-seq和ATAC-seq,此处为了说明我当前的知识是有限的,必须强调不仅限于此,免得出现开头说的这种尴尬。

8月份去开会,有中大肿瘤医院的PI跟我说,他们希望ChIPseeker可以支持ATAC-seq,因为我的ChIPseeker太好用了,然后他们想要用在ATAC-seq上,然而我的包真的是支持的啊。

哈佛大学的网站上有一份ATAC-seq分析指南[1],就明确地写了,ChIPseeker虽然是为ChIP-seq所设计,但对ATAC-seq一样支持得非常好,并且把ChIPseeker列为这份指南的关键步骤之一。

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出错的原因在于,我根本就没给GSEA分析的结果写barplot方法,所以默认去调用graphics::barplot.default了,于是出错。

但这样的图,对于我们来说,简直简单的不要不要的。

首先跑一下GSEA的分析, 这里用ReactomePA来跑一下通路的GSEA分析:

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Guangchuang Yu

Bioinformatics Professor @ SMU

Bioinformatics Professor

Guangzhou