I am very glad to find that someone figure out how to use ggjoy with ggtree.
I really love ggjoy and believe it can be a good tool to visualize gene set enrichment (GSEA) result. DOSE/clusterProfiler support several visualization methods.
Dear GuangChuangyu,
I’m trying to use the clusterProfiler package for GSE analysis on DGE data obtained from RNAseq. While I can run enrichKEGG, I’m unable to run gseKEGG basically because I don’t know how to obtain an order ranked gene list.
I work on R. I have a dataframe or matrix with gene names, log2 fold change values, pvalues and adjusted pvalues among others.
How can I get the order ranked gene list to feed in gseKEGG?
Moreover what is the more reliable way to obtain functional insight about each sample? enrichKEGG or gseKEGG?
Thank you in advance for your help.
best regards
bruno saubaméa
今天收到一封来自Université Paris Descartes的求助信，这个问题我被问过好多次了，显然很多新手都有这问题，根本不知道该怎么跑GSEA，搞不清GSEA的输入是什么。
陈同的‘生信宝典’公众号出了篇《R语言学习 - 富集分析泡泡图》，搞个shell脚本，一步绘图。讲了这个脚本可以适用于clusterProfiler和其它软件的富集结果。
浑身都是硬伤，我都不想吐槽，但由于作者邀请我提点，那就吐槽模式全开。
一个command出图，小白已经哭晕
从出的图看，应该是ggplot2画的（就算猜错，要吐槽的依然正确），小白在web-server上做了分析，存结果为xls文件，拿你这脚本，一跑报错。读xls文件（别告诉我你跟用户说读xls但其实是个tsv）和画图的依赖关系没解决！用户友好在那里？不要告诉我你的脚本0依赖，有个shell就能跑，即使我们熟悉的各种命令，很多都是独立程序，不关shell什么事。
所谓的一步出图
既然讲了clusterProfiler，那么clusterProfiler用户笑而不语了。我们用dotplot不也是一条命令出图，为什么要退出R，去跑你的shell脚本，这过程还得转换数据，存储数据。最后的这一步，是前面+N步为代价的。
在《ggplot2字体溢出的那点破事》一文里，我介绍了字体溢出的解决方案。在《wrapping labels in ggplot2》一文中介绍了怎么把长文本截断自动换行，这些都是非常常见的问题，最近关于溢出就又有人提问了：
模式生物做什么都简单，非模式生物则很多缺少注释，没有注释你就没法做，只能是借助于各种软件比如blastgo，自己跑电子注释。但今天要讲的不是这种情况，很多物种还是有注释的，只是你有时候不知道该去那里下载，或者你有数据，却不知道该怎么用！很多的软件都是针对模式生物的，或者针对某一些类型的非模式生物，能够支持多种非模式生物，能够支持用户自己的注释文件的软件相对来讲，就非常少有了，然而clusterProfiler就是这类少有的软件之一。
获得OrgDb
今天要讲的是通过OrgDb来做GO分析，这是clusterProfiler的enrichGO函数所支持的背景注释，Bioconductor自带20个OrgDb可供使用，多半是模式生物，难道我们要做的物种不在这20个里面就不行了吗？显然不是的，clusterProfiler能支持的物种我自己都数不过来。
我们可以通过AnnotationHub在线检索并抓取OrgDb，比如这里以玉米为例：
I have 8 packages published within the Bioconductor project.
A new package treeio was included in BioC 3.5 release.
