听说你想把Gviz画的基因结构转成ggplot?

在《ggplotify - version 0.0.4》一文中，有粉丝说想要支持Gviz包，画图包如果输出的是对象，那么我们可以写方法针对这个对象，然而Gviz的输出，却是list，显然这个方法走不通。

《ggsave支持base plot》一文中，我们知道可以使用base2grob来转化base plot为grob对象，乃至于ggplot2对象。然而Gviz包不是使用base plot来写的，它是使用grid来实现的，但又不输出grob对象，而是直接画图。针对这种情况，我在ggplotify包中又加入了grid2grob函数，以对应于base2grob函数。那么顾名思义，grid2grob函数可以把使用grid出图的，都转成grob对象，它适用于所有基于grid出的图，包括图A中的Gviz，当然也包括图B中的ggplot2(虽然例子中转ggplot2是多此一举)。

画图A的代码

library(Gviz)
library(GenomicRanges)
data(cpgIslands)
atrack <- AnnotationTrack(cpgIslands, name = "CpG")
gtrack <- GenomeAxisTrack()
gen<-genome(cpgIslands)
chr <- as.character(unique(seqnames(cpgIslands)))
itrack <- IdeogramTrack(genome = gen, chromosome = chr)
data(geneModels)
grtrack <- GeneRegionTrack(geneModels, genome = gen,
                           chromosome = chr, name = "Gene Model")
plotTracks(list(itrack, gtrack, atrack, grtrack))

其实不使用新版，也是可以支持Gviz的，虽然它的输出（直接画图+返回一个list）不能被直接转变成grob和ggplot2，但直接画图的函数是可以直接的，于是我们只需要简单地把画图的语句包装成一个函数，诸如function() plot_something，然后把这个函数传给as.grob或者as.ggplot就可以实现转化啦，所以旧版本也是支持的，只是你不懂得用而已。