《你昨天才做的分析，可能是几年前的结果！》这篇文章给大家敲了警钟，各种各样的web-server，要小心看有没有维护更新，有些是五年十年都不更新的，十分可怕。文章虽然讲的是富集分析，但其它分析工具你同样需要小心。
当然并不是说独立的软件/软件包就一定靠谱，如果软件自己打包了数据，同样要注意数据是否有更新，而如果数据不打包在软件里，而是在线获取，你同样也该留一下心。这也是clusterProfiler做富集分析的优势所在，KEGG数据是在线的，永远是最新的，而GO的数据不在软件包里，而依赖于别的数据包，而这些数据包是社区维护的（相对而言，个人的维护比较难以为继），就确保了数据一直在有更新维护的。
Bioconductor每半年发行一次，注释包同样每半年更新一次，所以你用clusterProfiler做GO分析，你用的GO数据库不会说超过半年没更新，而不像有些公司给出的结果，落后于这个世界不是一年两年这么简单。
正如我在《用R画meme ;)》里说的，meme包就可以拿来画，当然这个包是设计来画meme的，所以文本只会打在中间，如果你想在右下角之类的，不好意思，我没提供选项让你调文本位置，氮素，meme依然是你的好帮手，怎么说呢，meme不单能帮你读图片，还能用grid画出来，这意味着你可以用grid.text随便加个文本就OK了。
实例演示一发：
library(meme)
u <- system.file("angry8.jpg", package="meme")
x <- meme(u)
print(x)
grid.text("biobabble", x=.9, y=.05,
gp=gpar(col='white', cex=1.2))
正如我在「知识星球」里说的，scholar这个包现在已经死了，因为作者不维护了，除非出现接盘侠。我自己fork了一个，打了补丁，现在是可用的。这个包应该说我用得蛮多的，你看我简历里的引用数柱状图，我不会无聊到过一段时间就去查，然后重新画图的，太low。都是自动化的，我到简历目录下打make指令，就会自动去爬数据、重新画图并生成简历，而我啥都不用干。
github上的问题，问了两个问题，这是其中第二个：
Meanwhile, when I fed the ENTREZID to enrichKEGG, it show me two unreasonable results:
kegg_enrich = enrichKEGG(
gene = new_ids$ENTREZID,
organism = 'hsa',
keyType = 'ncbi-geneid',
pvalueCutoff = 0.05,
#pAdjustMethod = 'BH',
#qvalueCutoff = 0.2,
use_internal_data = FALSE
)
head(kegg_enrich)
ID Description GeneRatio BgRatio pvalue p.adjust qvalue
hsa04380 hsa04380 Osteoclast differentiation 14/281 128/7299 0.0003817040 0.04767338 0.04508266
hsa04070 hsa04070 Phosphatidylinositol signaling system 12/281 99/7299 0.0003875885 0.04767338 0.04508266
I noted that only 281 genes are remained(there are 700+ genes in my list). In case that there is something wrong wtihin my gene list, I also tried my list with DAVID. It gave me reasonable results. So this is my second question, why enrichKEGG cannot recognize my geneids?
在很久很久以前，当我还在用perl的时候，有一个TGen-EUtils的perl模块，可以去爬PubMed，我喜欢用它来画所谓的pubmed趋势，比如说我在2012年的时候，就画了各个组学技术的pubmed趋势，通过每一年的文章发表量来看某个技术到底火不火，走势怎么样。
当年microarray还特别猛，但显然可以看到二代测序必须要火，也可以看到proteomics在吹了几年牛B之后，有回落的趋势。
After the release of meme package, I received several feedbacks from users.
The most usefule one is the comment on my blog post:
Greetings Mr. Yu,
I am very happy that this package exists. Thank you for making it! I would like to request a feature, to ensure the package is able to compete with professional meme-creation tools like memegenerator and paint.net. Since memes often use the font Impact, in white and with black outline, I believe the package would be more powerful if it also did that automatically.
Regards,
The words, ‘compete with professional meme-creation tools’, stimulated me to develop text plotting with background outline effect.
Now this feature is available in meme v>=0.0.7, which can be downloaded from CRAN.
Sercan Kahveci
Greetings Mr. Yu,
I am very happy that this package exists. Thank you for making it! I would like to request a feature, to ensure the package is able to compete with professional meme-creation tools like memegenerator and paint.net. Since memes often use the font Impact, in white and with black outline, I believe the package would be more powerful if it also did that automatically.
Regards,
Sercan Kahveci, MSc
Content creator at Questionable Research Memes on Facebook https://www.facebook.com/QResearchMemes/
上次一篇《用R画meme ;)》把脸书在做MEME的人都给炸出来了，专业人士给出专业建议，要用Impact字体，并且要让字体出现阴影效果，这真是厉害了，感觉有点神奇，但他一句，这样就可以和专业工具PK了，着实太刺激了，我决定试一试能不能搞个阴影效果。结果还真让我搞成了，文本有一种浮在上面的错觉。
我们知道meme包是grid写的，我的输出是grob对象，当我半夜调试到2点，带着兴奋入睡之后，一点都睡不安稳，早上早早就迷迷糊糊在床上想着，既然我造出了文本阴影效果的grob对象，我应该封装成geom图层，送给ggplot2用户。
