今天学术圈刷屏的是美国政府关门,pubmed停更,有些标题党说成了美国政府破产,又说得好像中国人的科研也要跟着放假似的,还一堆人疯传,似乎暗示着pubmed也关门,而且没有pubmed会死一样。所以我感觉有必要普及一下姿势,毕竟吃瓜的人群基数太大。

Holy shit what a fucking disaster, pubmed is such an amazing resource, unbelievable the US would let it waste away. What an embarrassment of a country.

气愤归气愤,但标题党甚至于跑偏了就不可取了。无非只是停更,也就是说文章该发的照样发,只是暂时不会被收录进pubmed而已,也就是说pubmed照常用,只不过搜不到最新的文献,如果说这样就可以去放大假了,那么似乎如果不停更,你看多了几篇新文献,就能够发paper,迎娶白富美了?而看少了这最新的文献,就秒变科研屌丝,可以回家睡大觉了?

The website continues to work. The shutdown will be over in a few days and everything will go back to normal. You can also use Google Scholar, Web of Science, and Scopus.

事实上,pubmed只是一个搜文献的数据库,它停更,文章照发,而大家可以通过别的途径去获得,如果你只有这一条途径,那么你做科研也确实少了点B数。上面提到的google scholar很多人可能上不去(梯子在这里),而Scopus是要收费的。然后途径是很多的,

我的文章《如何获取文献》的价值,你们远远没有发现,通过RSS订阅杂志,是获得最新文献的最好方式,另外也讲到了欧版(其实是英国)的Pubmed,https://europepmc.org/,它显然不会被美国政府影响到,今天就更详细地介绍一下。

我们知道NIH资助的课题,不管你发的文章是否是SCI,不管是否被Pubmed收录,都会全文出现在PMC数据库中,没错Pubmed和PMC不是一个数据库,很多人可能都没搞清。而欧版Pubmed,它同步了PMC的全文,而且它们自己的funders支持的文章,也会被全文收录,也就是说它比pubmed收录更多的摘要,同时要比PMC收录更多的全文。

Electronic copies of any biomedical research papers that have been accepted for publication in a peer-reviewed journal, and are supported in whole or in part by funding from any of the Europe PMC Funders, to be made available through PubMed Central (PMC) and Europe PMC, as soon as possible and in any event within six months of the journal publisher’s official date of final publication;

它还外链了很多的数据库,Uniprot, European Nucleotide Archive (ENA), Protein Data Bank Europe (PDBE)和BioStudies,以及有专利、基金等各种附加信息可以查询到。对于文章来说,引用数等信息也被整合,你在搜索的时候就可以用引用数、相关性等进行排序,还有一点是你可以让pubmed推送新文章到邮箱里,但Euro Pubmed可以支持直接用RSS订阅,这个我比较喜欢。

为什么是PubMed?

这一波的刷屏,几乎所有人都在说pubmed,我觉得这是很恐怖的,这似乎证明了中国人上NCBI,多半是在上pubmed,在大家眼里,pubmed甜过初恋?!欧版pubmed,比美国的pubmed还要好,然而它就是不流行,为什么?因为NCBI有太多的数据库,这些数据库有很多是有镜像的,而且镜像站很多还有私货,比原站好,但没有一个可以和NCBI相比拟的出来,因为NCBI是一群数据库,而你不管打开NCBI的主页,或者是任何的数据库,都会看到这个提示:

Because of a lapse in government funding, the information on this website may not be up to date, transactions submitted via the website may not be processed, and the agency may not be able to respond to inquiries until appropriations are enacted.

显然这个提示不是针对pubmed的,而pubmed停更的可能性要低于其它的数据库,毕竟pubmed只是收录摘要,需要人工干预的可能性/需求比较低。然而微信上传的全部是pubmed,我只能呵呵哒了。如果你们只关注pubmed,也该反思是不是有太多的NCBI资源烂在地里,你都没好好利用了!

你比如说你的文章修回了,editor/reviewer要求你上传数据到GEO数据库,这下数据被推迟处理了,坑爹了。

再比如从NCBI的提示上看,会波及到不是你的科研,而是美帝的科研,政府拨款这个问题,很多博士后、博士生、各种政府资助的科学家,可能是真的要放大假了。而你洗洗睡了,周一该撸paper还继续撸,该熬夜做实验也该继续熬。