Sercan Kahveci

Greetings Mr. Yu,

I am very happy that this package exists. Thank you for making it! I would like to request a feature, to ensure the package is able to compete with professional meme-creation tools like memegenerator and paint.net. Since memes often use the font Impact, in white and with black outline, I believe the package would be more powerful if it also did that automatically.

Regards,

Sercan Kahveci, MSc

Content creator at Questionable Research Memes on Facebook https://www.facebook.com/QResearchMemes/

上次一篇《用R画meme ;)》把脸书在做MEME的人都给炸出来了，专业人士给出专业建议，要用Impact字体，并且要让字体出现阴影效果，这真是厉害了，感觉有点神奇，但他一句，这样就可以和专业工具PK了，着实太刺激了，我决定试一试能不能搞个阴影效果。结果还真让我搞成了，文本有一种浮在上面的错觉。

我们知道meme包是grid写的，我的输出是grob对象，当我半夜调试到2点，带着兴奋入睡之后，一点都睡不安稳，早上早早就迷迷糊糊在床上想着，既然我造出了文本阴影效果的grob对象，我应该封装成geom图层，送给ggplot2用户。

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小密圈的问题，不是三两句话可以说明白的事情，必须要写文来解答，上一次写文是《听说你还不会画热图》，里面正好吐槽了某知乎大V的「除了ggplot2之外其它都是鸡肋」，这次正好也可以再次呼应一下。

这个图明显是R的base graphics做的，图是可圈可点的，能做出这图来，也已经是告别了只会用plot的低级趣味。这其实是4个图拼起来的，第一个图只是多了个y轴而已，它们画起来是一样的，那就是只画boxplot，不画x和y轴，（你可能会说不是有x轴？），x轴是后面再加上去的，而且加x轴的时候，不写labels，只有线条没有文本（你可能又会说明明有文本！），因为axis这个函数只支持labels要么是水平的，要么是垂直的，旋转某个角度是不支持的，所以labels是额外再打上去的。这里一张小小的图，门道还是挺多的。

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据说1024是程序员的节日，就在这一天，Y叔开始了第一次的网络讲座，首次在网络上露面。内容就是上一周预告的《线上沙龙》。

很多人想要学ggplot2 + ggtree，但我的定位不是技术性的培训，而是学术讲座，所以一开始把问题摆出来，是有一些问题存在，有knowledge gap，然后我要去解决它。当然考虑到听众的knowledge gap也很大，我在介绍ggtree的之前，也帮大众撸了一篇R的画图，在这简短的时间里，你应该了解了R几个画图系统的关系，base和grid我在slides里写graphic system，但lattice和ggplot2我写的是data visualization system，我对它们是有区别对待的，像lattice和ggplot2自己是不成一体的，但提供了高阶的数据可视化方法/语法。听完讲座你也应该了解ggplot2，知道要怎样去入门，知道重点该学什么。

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下面这张吐槽LaTeX的图，太深得我心。

而ggplot2这种文本跑出界的事情，也太常见，以至于我在ggtree的FAQ专门指出来，要用xlim给x轴分配多点空间，这是由于数据是数据空间，而文本是像素空间。你画图的画布由数据空间决定，然后文本就从指定的位置（除了坐标，还取决于你align的方式和adjustment微调）开始打出来，一不小心就打出界了。这一点我在FAQ里，除了告诉你用xlim解决之外，我也给出了上面的解释，所以我一直强调，不要以为我在教ggtree，我其实是在教ggplot2。

后面就有人问了ggplot2字体溢出的事情，他所遇到的溢出，似乎更不应该发生，因为是坐标轴上的字体溢出，然而产生的原因是一样的，解决方案也是一样的，请用力猛戳《ggplot2字体溢出的那点破事》。

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大量的生信公众号在各种linux入门、perl入门、python入门、R入门、软件安装、跑跑示例代码、流程。我自己平时根本不会去看这些生信号，在《s01 - Counting DNA Nucleotides》一文发出去后，就被爪哥说不能跟着走低端路线，囧rz…

还好我多半写的是自己的东西，目前还没有掉进「低端」的坑里，今天继续画图，唯有赏心悦目的图能抚慰人心。

我写了一个包叫《ggimage：ggplot2中愉快地使用图片》，从此图上嵌图（ggplot对象）或图片变得轻而易举。某一天写着玩，写了个《geom_pokemon: 使用pokemon画图》的图层，引起了人民群众的尖叫，国外有妹纸用来可视化NBA数据《大开眼界+多图慎点：Pokémon x NBA and other fun with ggimage》，国内有汉子用来可视化复旦大学考研的报考专业《你的专业是那一只Pokémon神兽？》。

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小伙伴发来这个文章中的图，想要实现类似的图，用变量给axis text上色，并生成legend：

这个可以说ggplot2是不支持的，aes映射不会被应用于axis上，而theme也不支持aes映射，你只能自己手动搞个color vector传给theme来上色，但这无法生成legend。

我只能打开脑洞，legend借助于额外的图层来生成，但这个额外的图层又不是我们想要在图形上展示的，这又是个无米之炊，我能想到的就是让图层透明，实际有，但你看不到，当然这样自动生成的legend也会看不到，但legend可以后面再修改，于是这不支持的事情，就通过变通变得可能：

require(ggplot2)

set.seed(2017-07-04)
d <- data.frame(x = letters[1:5], y = rnorm(5), 
		group = sample(c("Control", "Treatment"), 5, replace=TRUE),
		type = sample(LETTERS[1:2], 5, replace=TRUE)
)

p <- ggplot(d, aes(x,y)) + 
	geom_col(aes(fill=group))

这个代码很好懂，画一个柱状图，按group上色。

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Dear Dr. Guangchuang Yu, I write to you regarding a doubt concerning the enrichGO function from Clustalprofiler package. I have been used this package before, but now I’m using the same R script and I have an error message.

This is the command I use:

go.bp <- enrichGO(gene = gene.df$ENSEMBL, universe = universe.ENSEMBLID, keytype = ‘ENSEMBL’, OrgDb = org.Ce.eg.db, ont = ‘BP’, pAdjustMethod = ‘BH’, pvalueCutoff = 0.01, qvalueCutoff = 0.05, readable=T)

and the error is the following one:

No gene set have size > 10 … –> return NULL…

My input list is attached to this email (101 genes in total). When I use this list in a web resource such as GOrilla it gives to me the proper GO terms.

Thank you very much in advance. Best regards,

María

最近clusterProfiler用户的问题，这个问题还蛮普遍。这个我在《why clusterProfiler fails》中也有谈到，并不是能出结果就是好的。没有结果也是一种结果。

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