陈同的‘生信宝典’公众号出了篇《R语言学习 - 富集分析泡泡图》，搞个shell脚本，一步绘图。讲了这个脚本可以适用于clusterProfiler和其它软件的富集结果。
浑身都是硬伤，我都不想吐槽，但由于作者邀请我提点，那就吐槽模式全开。
从出的图看，应该是ggplot2画的（就算猜错，要吐槽的依然正确），小白在web-server上做了分析，存结果为xls文件，拿你这脚本，一跑报错。读xls文件（别告诉我你跟用户说读xls但其实是个tsv）和画图的依赖关系没解决！用户友好在那里？不要告诉我你的脚本0依赖，有个shell就能跑，即使我们熟悉的各种命令，很多都是独立程序，不关shell什么事。
既然讲了clusterProfiler，那么clusterProfiler用户笑而不语了。我们用dotplot不也是一条命令出图，为什么要退出R，去跑你的shell脚本，这过程还得转换数据，存储数据。最后的这一步，是前面+N步为代价的。
在《ggplot2字体溢出的那点破事》一文里，我介绍了字体溢出的解决方案。在《wrapping labels in ggplot2》一文中介绍了怎么把长文本截断自动换行，这些都是非常常见的问题，最近关于溢出就又有人提问了：
模式生物做什么都简单，非模式生物则很多缺少注释，没有注释你就没法做，只能是借助于各种软件比如blastgo，自己跑电子注释。但今天要讲的不是这种情况，很多物种还是有注释的，只是你有时候不知道该去那里下载，或者你有数据，却不知道该怎么用！很多的软件都是针对模式生物的，或者针对某一些类型的非模式生物，能够支持多种非模式生物，能够支持用户自己的注释文件的软件相对来讲，就非常少有了，然而clusterProfiler就是这类少有的软件之一。
今天要讲的是通过OrgDb来做GO分析，这是clusterProfiler的enrichGO函数所支持的背景注释，Bioconductor自带20个OrgDb可供使用，多半是模式生物，难道我们要做的物种不在这20个里面就不行了吗？显然不是的，clusterProfiler能支持的物种我自己都数不过来。
我们可以通过AnnotationHub在线检索并抓取OrgDb，比如这里以玉米为例：
当年学R的时候，并没有现在这么多的书籍，老用户一般都知道丁国徽，因为他翻译了诸如《R导论》之类的文档，属于最早的中文材料了。跟生物狗有关的中文书有两本，一本是《R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用》，这本我在2006年的时候看过，被坑大发了，里面逻辑混乱、错误满篇。
以下这段豆瓣书评可以说很好的总结了这本书 https://book.douban.com/review/3017404/#comments:
首先，打开前言，读者们会发现“编写本书，参加这些工作的教师和研究生有15人之多”。当然，名字后面带头衔的最后都在出现在封面了。也就是说由12位”无名的岳武穆“研究生同学造就了3名”有名的岳武穆“之砖家叫兽。
然后，本书共24章，模12为零，当然，这只是一个巧合，只是暗合天命罢了。
最搞笑的就是这本书的编排和审校，十分差，许多小错误，就好像从没有审过一样。
譬如第13页上，对order()函数的介绍，居然有这么句绕口令“x[order(x)]等效于order(x)“,当然其实等效的是 sort(x).
其他的诸如第17页上>=的打印错误，就不一一细表了。
最搞笑的就是只有三页的第4章，在数组、函数的介绍之前，就开始讲“聚集计算”！！！然后再来讲解语言基本的语法。。。。 这种“由深入浅，化简单为复杂，化复杂为天书”之功力，更让吾辈叹服砖家叫兽吞云吐雾之神功。
作为一本实例讲解的书，根本就没有提供源码和实例样本，也就说，根本就是没头没脑的演示。有点专业精神好么，好歹也是本标价68的书，当然只有400页草纸， 本科生水平的语言文档翻译。
在《ggimage：ggplot2中愉快地使用图片》一文中，我展示了「嵌套式绘图」，中间生成了多个饼图，再用这些产生的饼图用于做图，绘制出饼图版的气泡图：
当时还通过每次只画一个州的数据，来演示制作动图：
