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这图当然用PS一下就可以得到,无非是拼图和加点文字。但做为天天写代码画图的人来说,必然是要纯代码来产生的,而且做科学的人,讲究自动化、可重复性。

就像有些人不理解data scentist为什么讨厌excel一样,觉得无非是工具,没什么好搞阵营的。试想一下,一个分析流程中间有一步要用到excel,需要人工去点点鼠标,这对于讲究自动化、可重复性的data scientist来说是不可接受的。

加载中文字体

为了打几个中文字,需要先加载字体,这里我用showtext。

require(showtext)
font.add("heiti", "/Library/Fonts/华文黑体.ttf")
showtext.auto()

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这个Diego在推特上问的问题,他最近在写一个motiftools的R包,里面用了ggtree来画图,我想他应该是要解决他在包里的画树/聚类功能吧。

他问题写的horizontal,但其实plot.hclust默认是vertical,ggtree默认也是horizontal,所以我认为他问的是vertical layout,这个在我的回答中也得到了他的确认。

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食色性也

画图配色并不是一件简单的事情,好的配色让人眼前一亮,虽然R有很多配色方案,做为ggplot2的爱好者,ggthemes也提供了很多主题,内置了很多配色方案,还有一些其它的包,比如ggtech,包含了一些科技公司比如facebook, twitter, google的典型配色方案,甚至于ggsci,提供了nature, lancet的配色方案。

但这些远远不够! 但这些远远不够! 但这些远远不够!

看到一张图片让我眼前一亮,我想用它的配色方案呢!我想拿最新电影的海报的配色来装个逼呢!画图时不想用现成的配色,想要另类一些,我想用一些大自然的风格,比如求偶期间各种鸟类的羽毛颜色来画!

这些在R里面,都是可以的,可以的,可以的…

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这是高老师文章里的图,每一个小图都是通过比较两条比对序列差异而做出来的,从图A和B中可以看出,CF_YL21有可能是Mont和Oz两条序列重组而来。高老师自己做出这图后,深知手工统计序列差异、画图、拼图之困难。问我有没有办法读两条序列,生成一个图。

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Guangchuang Yu

a senior-in-age-but-not-senior-in-knowledge bioinformatician

Postdoc researcher

Hong Kong