更新EI Capitan已经近一个月,第一感觉就是明显变慢了。这是去年买的27’ iMac,必须不慢。 MS office程序可以打开,但打开文档直接闪退。升级安装总会有些问题,就像我去年在笔记本上升级yosemite一样,最后两分钟始终过不去,迫使我全新安装,当时我看后台记录就发现了是MacTex拷不过去, 后来MacTex的网站上也写了升级Yosemite有这个问题。升级有些小问题是可以预见的,但很少有像EI Capitan这么多的问题。

Macworld EI Capitan review文章中有人这样评论:

haha nice review ! did you tried the update ?? slow connection safari freezes on launch outlook crash printer does not work anymore great job from Apple . My confidence in Apple has been seriously dented!

Continue reading

11年的老机器,闲置了两年,终于在我来HKU的时候发挥了作用,我第一次遇到做生物信息学要自己背电脑去干活。于是每天学校宿舍两头背,当时

唯一的问题是headphone亮着红光,这个本身不难解决,用alsamixer把S/PDIF给mute了就OK了,但坑爹的是每次启动都是亮着红光,这让我很是纠结,我只能通过rc.local,让它每次开机都把alsamixer的状态都给恢复一下:

Continue reading

安装Amos

Amos是纯于比较难安装那种,因为依赖关系比较复杂。

首先编译需要qt4-devboost graph toolkit

sudo apt-get install libqt4-dev
sudo apt-get install libboost-graph-dev

再者是perl模块:

sudo cpan -i DBI
sudo cpan -i Statistics::Descriptive

Continue reading

ppiPre抄袭了GOSemSim的代码,证据当然非常充分,比对一下代码就知道了,我在Proper use of GOSemSim一文中,做出了一些比较,另外也可以参考github页面,github记录了ppiPre被暴光抄袭之后所做的修改。 从我给BMC Systems Biology的编辑反馈这件事开始,在这铁板钉钉的事实面前,编辑拖了整整一年,而这一年时间过去了,ppiPre仍没有被编辑部受理。从最早反应这件事情,编辑信誓旦旦说他们很重视这种事情,到后面对我的邮件视而不见,我愿意相信编辑部处理这些事情,需要时间,他们有自己的规则,但一年的时间,不回邮件,冷处理以淡化此事,这绝对不是应该有的规则。 在编辑一直无视我的情况下,我写出了Proper use of GOSemSim一文,列举了一些一模一样的代码,并告知CRAN,当ppiPre被CRAN移除时,我写信给编辑,这时候,编辑告诉我说他们准备要去联系作者了,这时候已经过去半年了,是的!你没有看错,半年过去了,编辑说他们还没去联系作者!我是不相信的。必然是联系了之后,有某些不为人知的原因,所以编辑态度反常,对抄袭这种打鸡血的事情,不断在打太极。

再过二个月,ppiPre的作者邓岳给我写了信:

Continue reading

在进行测序的时候,需要将DNA打断,构建library,这些fragment需要接上adaptor,好进行扩增,illumina的测序,可以有single end和paired end两种,分别从一端和两端进行测序。

fragment                  ========================================
fragment + adaptors    ~~~========================================~~~
SE read                   --------->
PE reads                R1--------->                    <---------R2
unknown gap                         ....................

Continue reading

Author's picture

Guangchuang Yu

a senior-in-age-but-not-senior-in-knowledge bioinformatician

Postdoc researcher

Hong Kong