Guangchuang Yu

a senior-in-age-but-not-senior-in-knowledge bioinformatician

微信公众文markdown一键排版

Jan 18, 2017 - 1 minute read - Comments Publish

微信公众号的后台排版功能很差,要想让读者阅读起来舒服,写作的人要花很多时间,于是出现了像秀米这样的第三方排版网站,即便如此,要想排出好的版面,仍然是件耗时的事情,而且像在文章里贴代码这种小众需求,是不被支持的,代码就像普通文本,那叫一个乱。

好在微信平台是支持富文本的,我们复制粘贴过来,格式都还会在,像抄我ggplot2那篇文的生信人,就是完全复制粘贴的,还是我博客上的排版,当然它到了公众号上就乱了,我们其实很容易发现很多复制粘贴的,都没自己排一下版面,直接ctrl-C, ctrl-V一点诚意都没有。

R包辣鸡之CorMut

Jan 17, 2017 - 1 minute read - Comments R

曾经QQ上有人叫我帮忙,跑某个R包做个分析,我一看那包,一堆bug,显然不能用,那就不是简单的事了,我可没空帮他写代码,于是他就经常恶心我,有事没事就来说我写ggtree没意义,不是实质科研,不如跟他做点牛逼的,不如再写个R包干他那事。昨天用马甲在进化群里问画树,我还热心贴个代码给他,说看不懂,我在群里说了,我写个文详细介绍一下。然而他的马甲身份暴露啦,所以今日跳票,我写好的文也不发了,你牛逼就不要用马甲来骗代码呀,ggtree没用你不要用呀,叔就是这么任性😎

之前讲过某个R包我一看一堆bug,直接放弃,今天倒是拿出来晒一下,不为别的,我只想说一句,一知半解是很危险的,盲目相信软件也是很危险的。

ChIPseq从入门到放弃

Jan 8, 2017 - 1 minute read - Comments RChIPseq

接下来要出一个ChIPseq系列,讲一讲ChIPseq和我的ChIPseeker包,从入门到放弃是我自己的个人写照。我做ChIPseq总共也就3个月的时间,做的事情并不多,在一知半解的情况下写下了ChIPseeker包。

我当时被要求做ChIPseq分析是为他人做嫁衣,而且是完全白干那种,但做为学生,白干也得干。

当时一开始使用ChIPpeakAnno做注释,但用UCSC genome browser检验结果的时候,发现对不上。在对ChIPpeakAnno包不满意的情况下,开始着手写ChIPseeker,其实在使用ChIPpeakAnno的时候,我就有写代码对结果做一些可视化,所以未有ChIPseeker先有ChIPseeker的部分可视化功能。当时写了篇博客文说ChIPpeakAnno的问题,一个月后就在Bioconductor上发表了ChIPseeker,这包完全是我半夜在宿舍里写出来的。

跨物种计算基因相似性

Dec 7, 2016 - 1 minute read - Comments R

Hi,

I know this question has been asked before a long time ago and I don’t see an answer of that question in the mailing list or in the vignette of GOsemsim package. So I was wondering what is the easiest possible way of calculating GO semantic similarity value for orthologus gene pairs between two species using the above R package or any other package you know of. I am not doing this for less annotated species I need to calculate that for orthologus genes between Human and Mouse (both of which are well annotated IMHO). So I would much appreciate it if anyone who has already done this before can point me to a resource which already has pre-calculated semantic similarity values for Mouse and Human orthologues or has inbuilt code to do that.

Thanks & regards

这是Bioconductor support site上的问题,问的是他想要计算人类和老鼠的直系同源基因通过GO注释来计算语义相似性,问GOSemSim是否支持,这个答案是yes and no。