3D版邪恶的曲线

我的公众号biobabble第一篇原创文章《邪恶的曲线》,因为太邪恶,当时只推送给男性关注者,由于不是推送给所有人,所以历史记录是翻不到的,之前有再文字推送一下链接,结果评论区全是差评,我也是蛮囧rz的…

无意中我又翻到了一张2012年2月份画的3D版本,尽管你们要差评,还是想分享一下。代码就在截屏之中,想玩的话,可以照着输入,支持鼠标旋转哦,可以慢慢把玩(太邪恶了)。


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5s无缘无故突然就自带3D效果,可是苹果没送我3D眼镜啊!做为一个果粉,自从乔帮主离去之后,对苹果是越来越无爱了。

anyway,对于这部陪伴许久的手机,还是要纪念一下的。

按地理位置分面》一文最后我埋了个伏笔,写到最后的时候,我想到的是可以拿来画个元素周期表,但懒得搞,在《ggplot2分面之像素艺术》一文里用一只火鸡展示了用图来拼像素画的思路,回应了前文的伏笔。今天继续展示一个像素画,为了纪念我的iphone5S,当然我要画个苹果🍎出来。

这里的图,用的是emoji来画,如果你还不会用emoji来画图装逼,赶紧戳《看完此文, 你也能够大开脑洞, 上升逼格》。然后用geofacet来拼出像素画,这个时候,你应该想到可以拿来拼你的照片,画个某个形状的照片墙了。


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大学教授力挺抄袭,强行洗地到裤衩都不要了,到底图什么?》这篇文章发出来之后,引起大家讨论,有一些小伙伴截了屏给我看。所以我想有必要再讲几句,我这篇文章写两个方面,一方面是重用代码,一方面是文章抄袭,这两方面可以是不相关的,这里的文章抄袭并不特指你抄了代码。

X教授《如何姿势正确的使用他人代码?》,总结起来两个点,一是开源代码随便用,二是文章有引用/致谢就OK。这两个点都是错误的。


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连遮羞布都不要,难道这是个一被子的故事?

事情开始于我整理并曝光了西安电子科技大学一个讲师读在职博士期间抄袭了两篇文章,并顺利拿到学位晋升为副教授的故事。

这个故事很精彩

亮点1: 期间发现了一条抄袭链,GOSim被DOSim抄,而DOSim又被HPOSim抄,抄袭者都在文章中把抄来的算法实现当成自己做的东西来介绍。

亮点2: ppiPre抄袭GOSemSim的文章,我跟BMC Systems Biology反馈了,而编辑部竟然各种包庇,最后抄袭者两面三刀,和编辑部黑箱操作,在未告知我的情况下,出来一个洗地的Erratum,把抄袭说成不好意思,忘记引用了。

整个过程连载于以下四篇文章中:

如果想要分享这整个过程,可以分享以下这个汇总的文章:


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Galaxy-ChIPseq流程

这篇文章介绍如果把ChIPseeker搬上galaxy,和galaxy上其它软件一起拼成流程,跑一个ChIPseq注释的流程,从fastq文件开始,比对生成bam文件,peak calling生成bed文件,基因组注释,一个完整的流程,这个流程一旦设置好,每次跑都只是点点鼠标就可以了。 本文额外附送: 1. 如何把R程序变成命令行程序 2. 如何把命令行程序搬上galaxy (知名的程序都有人搬好,但自己的程序还是需要学一下怎么配置的)

Galaxy可以说是低端生信从业者杀手,如果你的能力只是跑跑流程,galaxy完全可以取代你的工作。

如果你是苦逼的生物研究生,苦于要自己分析数据,不会跑命令行程序,对各种参数表示晕菜,galaxy也是拯救你的神器,如同有个做生信的人在旁边帮助你,参数你点点菜单就可以了,跟程序变运行又可以了,流程自己都可以设计并一键运行。

安装galaxy

  • requirements: python 2.7 and git
  • only three steps

克隆galaxy项目

git clone https://github.com/galaxyproject/galaxy/
cd galaxy
## switch to master branch, stable release
git checkout -b master origin/master
```     




### 安装


```bash
cd galaxy/config/
cp galaxy.ini.sample galaxy.ini
```     

编辑_galaxy.ini_文件

+ find the line: admin_users
+ remove the # and add an email for your account



### 运行

```bash
# go back to galaxy folder
cd ..
sh run.sh

然后就可以用浏览器打开http://localhost:8080,使用galaxy,就是这么简单。
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Dear GuangChuangyu,

I’m trying to use the clusterProfiler package for GSE analysis on DGE data obtained from RNAseq. While I can run enrichKEGG, I’m unable to run gseKEGG basically because I don’t know how to obtain an order ranked gene list.

I work on R. I have a dataframe or matrix with gene names, log2 fold change values, pvalues and adjusted pvalues among others.

How can I get the order ranked gene list to feed in gseKEGG?

Moreover what is the more reliable way to obtain functional insight about each sample? enrichKEGG or gseKEGG?

Thank you in advance for your help.

best regards

bruno saubaméa

今天收到一封来自Université Paris Descartes的求助信,这个问题我被问过好多次了,显然很多新手都有这问题,根本不知道该怎么跑GSEA,搞不清GSEA的输入是什么。


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Guangchuang Yu

a senior-in-age-but-not-senior-in-knowledge bioinformatician

Postdoc researcher

Hong Kong