听说你想打水印?

正如我在《用R画meme ;)》里说的,meme包就可以拿来画,当然这个包是设计来画meme的,所以文本只会打在中间,如果你想在右下角之类的,不好意思,我没提供选项让你调文本位置,氮素,meme依然是你的好帮手,怎么说呢,meme不单能帮你读图片,还能用grid画出来,这意味着你可以用grid.text随便加个文本就OK了。

实例演示一发:

library(meme)
u <- system.file("angry8.jpg", package="meme")
x <- meme(u)
print(x)
grid.text("biobabble", x=.9, y=.05, 
    gp=gpar(col='white', cex=1.2))


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正如我在「知识星球」里说的,scholar这个包现在已经死了,因为作者不维护了,除非出现接盘侠。我自己fork了一个,打了补丁,现在是可用的。这个包应该说我用得蛮多的,你看我简历里的引用数柱状图,我不会无聊到过一段时间就去查,然后重新画图的,太low。都是自动化的,我到简历目录下打make指令,就会自动去爬数据、重新画图并生成简历,而我啥都不用干。


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github上的问题,问了两个问题,这是其中第二个:

Meanwhile, when I fed the ENTREZID to enrichKEGG, it show me two unreasonable results:

kegg_enrich = enrichKEGG(
    gene = new_ids$ENTREZID,
    organism = 'hsa',
    keyType = 'ncbi-geneid',
    pvalueCutoff = 0.05,
    #pAdjustMethod = 'BH',
    #qvalueCutoff = 0.2,
    use_internal_data = FALSE
)
head(kegg_enrich)
              ID                           Description GeneRatio  BgRatio       pvalue   p.adjust     qvalue
hsa04380 hsa04380            Osteoclast differentiation    14/281 128/7299 0.0003817040 0.04767338 0.04508266
hsa04070 hsa04070 Phosphatidylinositol signaling system    12/281  99/7299 0.0003875885 0.04767338 0.04508266

I noted that only 281 genes are remained(there are 700+ genes in my list). In case that there is something wrong wtihin my gene list, I also tried my list with DAVID. It gave me reasonable results. So this is my second question, why enrichKEGG cannot recognize my geneids?


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在很久很久以前,当我还在用perl的时候,有一个TGen-EUtils的perl模块,可以去爬PubMed,我喜欢用它来画所谓的pubmed趋势,比如说我在2012年的时候,就画了各个组学技术的pubmed趋势,通过每一年的文章发表量来看某个技术到底火不火,走势怎么样。

当年microarray还特别猛,但显然可以看到二代测序必须要火,也可以看到proteomics在吹了几年牛B之后,有回落的趋势。


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请用事实怼我

在《你昨天才做的分析,可能是几年前的结果!》这篇文章的开头,我吐槽了WEGO+华大(虽然文章是转载自《嘉因生物》,但这段是我给自己加的戏码,广告后面才是原帖内容 -,-)。

这只不过是我任性了一番,因为华大的拥护者来骂人了,我真的不理解,如果我说错了,你们可以拿事实啪啪啪地打我脸的,为什么要骂人,所以我任性地再吐一口口水。

这里我必须承认,我说错了,华大用的WEGO不是那在线版的09年以后就不更新的WEGO,09年人的注释不超过7000个,华大给的报告有12929个(BP),当然也不是最新的,目前org.Hs.eg.db中GO的数据源是2017-03-29, BP的注释有16992个,比华大多了1/3,所以《你昨天才做的分析,可能是几年前的结果!》这篇文章要吐槽的依然对,谁知道差这1/3会发生什么呢。

> (16992-12929)/12929
[1] 0.3142548


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Sercan Kahveci

Greetings Mr. Yu,

I am very happy that this package exists. Thank you for making it! I would like to request a feature, to ensure the package is able to compete with professional meme-creation tools like memegenerator and paint.net. Since memes often use the font Impact, in white and with black outline, I believe the package would be more powerful if it also did that automatically.

Regards,

Sercan Kahveci, MSc

Content creator at Questionable Research Memes on Facebook https://www.facebook.com/QResearchMemes/

上次一篇《用R画meme ;)》把脸书在做MEME的人都给炸出来了,专业人士给出专业建议,要用Impact字体,并且要让字体出现阴影效果,这真是厉害了,感觉有点神奇,但他一句,这样就可以和专业工具PK了,着实太刺激了,我决定试一试能不能搞个阴影效果。结果还真让我搞成了,文本有一种浮在上面的错觉。

我们知道meme包是grid写的,我的输出是grob对象,当我半夜调试到2点,带着兴奋入睡之后,一点都睡不安稳,早上早早就迷迷糊糊在床上想着,既然我造出了文本阴影效果的grob对象,我应该封装成geom图层,送给ggplot2用户。


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小密圈的问题,不是三两句话可以说明白的事情,必须要写文来解答,上一次写文是《听说你还不会画热图》,里面正好吐槽了某知乎大V的「除了ggplot2之外其它都是鸡肋」,这次正好也可以再次呼应一下。

这个图明显是R的base graphics做的,图是可圈可点的,能做出这图来,也已经是告别了只会用plot的低级趣味。这其实是4个图拼起来的,第一个图只是多了个y轴而已,它们画起来是一样的,那就是只画boxplot,不画x和y轴,(你可能会说不是有x轴?),x轴是后面再加上去的,而且加x轴的时候,不写labels,只有线条没有文本(你可能又会说明明有文本!),因为axis这个函数只支持labels要么是水平的,要么是垂直的,旋转某个角度是不支持的,所以labels是额外再打上去的。这里一张小小的图,门道还是挺多的。


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Guangchuang Yu

a senior-in-age-but-not-senior-in-knowledge bioinformatician

Postdoc researcher

Hong Kong