Guangchuang Yu

a senior-in-age-but-not-senior-in-knowledge bioinformatician

喜新厌旧之hello Hugo

Dec 4, 2015 - 2 minute read - Comments blog

最早在China Unix上写博客,后来转战新浪。在azelea的说服下,果断换成wordpress,写技术博客贴点代码什么的,新浪必须是太渣。azelea是我开始独立博客的领路人,为我提供了空间和域名。再后来自己买了空间和ygc.name的域名,用了好几年。本来一直有想法要换成github+jekll,恰巧Wei Shen强力推荐HUGO。于是再一次换博客。

首先面临着wordpress迁移的问题。

导入wordpress posts为markdown文件

试用了多个插件或脚本,都是各种出错。最后发现了神器potter-wordpress,通过npm安装:

npm install -g pottercms-wordpress

然后一个语句:

potter-wordpress -h WORDPRESS_SITE_URL -u USER_NAME -p PASSWORD --dir PATH_TO_STORE_MD_FILES

自动从线上把posts抓下来,并转化为markdown。在之前各种搞不定之后,看到下面的输出有种莫名的快感。

Fetching articles…

   Got : [Sun Nov 29 2015] R kernel in Jupyter notebook 3
   Got : [Mon Nov 09 2015] phylomoji with ggtree
   Got : [Tue Nov 17 2015] 合体中的操作系统
   Got : [Mon Nov 02 2015] Comparison of clusterProfiler and GSEA-P
   Got : [Thu Oct 01 2015] ChIPseq data mining with ChIPseeker
   Got : [Tue Oct 06 2015] TRIE
   Got : [Thu Oct 15 2015] [BioC 3.2] NEWS of my BioC packages
   Got : [Wed Oct 21 2015] use simplify to remove redundancy of enriched GO terms

   ...

   Got : [Mon May 14 2007] Edit partition table in NetBSD/macppc
   Got : [Mon May 14 2007] 我的emacs配置文件
   Got : [Mon May 14 2007] pkgsrc tips
   Got : [Thu May 03 2007] scilab三维平面绘图
   Got : [Sat Jun 24 2006] qvwm窗口管理器的windows2000主题
   Got : [Wed Jun 14 2006] 安装os9和netbsd双系统
   Got : [Sat May 28 2005] 在emacs里使用maxima
   Got : [Mon Mar 14 2005] scau校园网认证
   Got : [Fri Jan 14 2005] Powerbook G3上安装gentoo

Done.

合体中的操作系统

Nov 17, 2015 - 1 minute read - Comments Mac OSWindows

更新EI Capitan已经近一个月,第一感觉就是明显变慢了。这是去年买的27’ iMac,必须不慢。 MS office程序可以打开,但打开文档直接闪退。升级安装总会有些问题,就像我去年在笔记本上升级yosemite一样,最后两分钟始终过不去,迫使我全新安装,当时我看后台记录就发现了是MacTex拷不过去, 后来MacTex的网站上也写了升级Yosemite有这个问题。升级有些小问题是可以预见的,但很少有像EI Capitan这么多的问题。

Macworld EI Capitan review文章中有人这样评论:

haha nice review ! did you tried the update ?? slow connection safari freezes on launch outlook crash printer does not work anymore great job from Apple . My confidence in Apple has been seriously dented!

BMC Favor Plagiarism

May 17, 2015 - 3 minute read - Comments BiologyResearch

ppiPre抄袭了GOSemSim的代码,证据当然非常充分,比对一下代码就知道了,我在Proper use of GOSemSim一文中,做出了一些比较,另外也可以参考github页面,github记录了ppiPre被暴光抄袭之后所做的修改。 从我给BMC Systems Biology的编辑反馈这件事开始,在这铁板钉钉的事实面前,编辑拖了整整一年,而这一年时间过去了,ppiPre仍没有被编辑部受理。从最早反应这件事情,编辑信誓旦旦说他们很重视这种事情,到后面对我的邮件视而不见,我愿意相信编辑部处理这些事情,需要时间,他们有自己的规则,但一年的时间,不回邮件,冷处理以淡化此事,这绝对不是应该有的规则。 在编辑一直无视我的情况下,我写出了Proper use of GOSemSim一文,列举了一些一模一样的代码,并告知CRAN,当ppiPre被CRAN移除时,我写信给编辑,这时候,编辑告诉我说他们准备要去联系作者了,这时候已经过去半年了,是的!你没有看错,半年过去了,编辑说他们还没去联系作者!我是不相信的。必然是联系了之后,有某些不为人知的原因,所以编辑态度反常,对抄袭这种打鸡血的事情,不断在打太极。 再过二个月,ppiPre的作者邓岳给我写了信:

R binary is untrustable

Jul 24, 2014 - 2 minute read - Comments Software

去年ubuntu下apt-get了R-3.0.2, 用了没多久就发现了system命令有问题,通常情况下调用系统命令是正常的,但是我调用bowtie的时候,就会报错: Warning: Could not open read file "/tmp/8156.inpipe1" for reading; skipping... Error: Encountered internal Bowtie 2 exception (#1) Command: /usr/bin/bowtie2-align --wrapper basic-0 -p 12 -x /ssd/genomes/hg19 -S tmp.sam -1 /tmp/8156.inpipe1 -2 /tmp/8156.inpipe2 这很明显是因为fasta.gz文件,bowtie需要调用zcat来读的,在R里调用bowtie就找不到好基友zcat的输出管道。当时没在意,R不干,那就找shell。 去年用NMF包的时候,报出了人类不友好的错误,联系了包作者Gaujoux,在作者的帮助下,找到了是doParallel包的问题: > library(doParallel) > Loading required package: foreach foreach: simple, scalable parallel programming from Revolution Analytics Use Revolution R for scalability, fault tolerance and more. http://www.revolutionanalytics.com Loading required package: iterators Loading required package: parallel > registerDoParallel(11) > > foreach(i = 1:10) %dopar% { getwd() } > *** caught segfault *** address 0x7fbeb6d399d0, cause 'memory not mapped' 其实parallel包中用mclapply也是同样报错。于是又把维护deb包的Dirk拉进来,Dirk是Rcpp的作者,高人就是不一样,看了错误,立刻就指出是BLAS库的问题。 Sorry -- I have no idea what this is about and no ability whatsoever to do debugging for your here.