群众纷纷表示图二是Excel画的,我觉得也是!Excel是生物学家的最爱啊。虽然做生信的人都看不上,最主要是没有记录,不具备可重复性。但现实就是大家都爱Excel。


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ko数据库ID转换

Since the clusterProfiler is a very useful tools for GO and Kegg annotation.At present I want to use it to enrich for kegg result while only have the KO number ,So I want to convert the KO number to the pathway function,Is there have any function or methods in the software can convert it?any help will be appreciated

这个问题问说他想转KO到通路,首先这是一个常见的错误,很多人分不清Kko,所以在我告诉他可以把K number转成ko pathway的时候,我先指出他的错误。

ko is actually pathway map. I think you are talking about K number mapping to ko pathway.

> bitr_kegg("K00844", "kegg", "Path", "ko")
     kegg    Path
1  K00844 ko00010
2  K00844 ko00051
3  K00844 ko00052
4  K00844 ko00500
5  K00844 ko00520
6  K00844 ko00521
7  K00844 ko00524
8  K00844 ko01100
9  K00844 ko01110
10 K00844 ko01120
11 K00844 ko01130
12 K00844 ko01200
13 K00844 ko04066
14 K00844 ko04910
15 K00844 ko04930
16 K00844 ko04973
17 K00844 ko05230


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在《你所不知道的,R的N种打开方式》一文中,我介绍了R的N种界面,这里将介绍一个用python写的极其现代化的R命令行界面,rice之于R,就像ipython之于python一样。

特性

  • 轻量,不需要编译
  • 多行编辑,这点很重要啊,长长的命令可以换行后,随便回去编辑前面的指令
  • 语法高亮,这可是R命令行所没有的,看起来舒服多了
  • 自动补齐,减少输入
  • 支持bracketed paste mode,也就是说你copy-paste了有换行符的字符串,不会拷进去就自动执行了
  • 支持Windows, macOS 和 Linux
  • 支持vi, emacs等编辑模式
  • 可以多种高亮模式


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最初github上用户(@JustGitting)报告说geom_hilightgeom_cladelabel不能用于unrooted树。详见:https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/118

我表示这确实是不行的,然后这就变成了feature request。我继续表示unrooted tree在ggtree中的实现并不好,我只实现了equal angle algorithm,在写注释图层之前,如果我有时间的话,我希望可以先实现更好的layout algorithm。

然后JustGitting表示,他发现python的ETE和R的ape,在无根树的可视化上好像都不太行。问我有什么unrooted的layout algorithm,有没有什么参考文献,或许他可以帮忙实现,因为他觉得ggtree是最成熟的软件。


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Guangchuang Yu

a senior-in-age-but-not-senior-in-knowledge bioinformatician

Postdoc researcher

Hong Kong