I am trying to add a scale to an unrooted tree with
geom_treescale, but when I use it, the tree completely collapses and I am not able to set anything that fix it. Anybody has any idea on how to do it ?
google group里的问题，说他加geom_treescale之后，树被压缩了，由于他没有给出可重复性的例子，所以我们并不知道情况到底有多么糟糕，但这种情况是可能发生的，因为加treescale这种东西，默认情况下geom_treescale会自己去计算该加多大的scale bar，该放在什么位置上，而这种默认情况是基于rectangular布局来的，在假设的情况下，都不可能尽善尽美，假设不成立的情况下当然有可能搞得很差。
Hello all,
When I plot some data using ggtree, the out groups are on a very long branch length. The out groups are 75 and 76 in the example below.
I would like to keep the out groups in the tree but ignore their branch lengths to make presentation easier.
话说有一只蛙，它旅游去了广东，游戏结束。
这篇文章，只想跟大家讲一讲ggtree，你值得拥有的强大的进化树可视化软件，高颜值的图，就在于指尖几行代码中。
最近养蛙很流行，就以蛙为例，读树用read.tree，然后一个ggtree的指令，树就画出来了。而你见证神奇的时刻就在于你不断+geom_xxx加图层，这里我用了geom_tiplab来加taxa label，而这个可不仅仅是名字哦，用emoji也可以，这里我用的竟然是图片，你没看错，也可以。只要指定geom="image"就OK，那个本来要打的文本，就会被当成是文件名，然后读图片画图片，一切尽在我的ggimage包。
取子集对于进化树可视化来说是非常常见的，我们要区分内部节点和外部节点，我们也可能想针对某些特点的节点进行注释。
ggplot2现在所有图层都不支持直接取子集，所以呢ggtree就自己定义了一些修改的图层，包括geom_text2, geom_label2, geom_point2 和 geom_segment2，这些图层和ggplot2的版本唯一差别就是支持取子集。这样对于我们做注释来说，就更方便了。
比如说我想给内部节点打点，可以用：
ggtree(tree) + geom_text2(aes(label=label, subset=!isTip), hjust=-.2) +
geom_point2(aes(subset=!isTip), color="red", size=3)
据说1024是程序员的节日，就在这一天，Y叔开始了第一次的网络讲座，首次在网络上露面。内容就是上一周预告的《线上沙龙》。
很多人想要学ggplot2 + ggtree，但我的定位不是技术性的培训，而是学术讲座，所以一开始把问题摆出来，是有一些问题存在，有knowledge gap，然后我要去解决它。当然考虑到听众的knowledge gap也很大，我在介绍ggtree的之前，也帮大众撸了一篇R的画图，在这简短的时间里，你应该了解了R几个画图系统的关系，base和grid我在slides里写graphic system，但lattice和ggplot2我写的是data visualization system，我对它们是有区别对待的，像lattice和ggplot2自己是不成一体的，但提供了高阶的数据可视化方法/语法。听完讲座你也应该了解ggplot2，知道要怎样去入门，知道重点该学什么。
最初github上用户（@JustGitting）报告说geom_hilight和geom_cladelabel不能用于unrooted树。详见：https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/118
我表示这确实是不行的，然后这就变成了feature request。我继续表示unrooted tree在ggtree中的实现并不好，我只实现了equal angle algorithm，在写注释图层之前，如果我有时间的话，我希望可以先实现更好的layout algorithm。
然后JustGitting表示，他发现python的ETE和R的ape，在无根树的可视化上好像都不太行。问我有什么unrooted的layout algorithm，有没有什么参考文献，或许他可以帮忙实现，因为他觉得ggtree是最成熟的软件。
还记得《ggtree hex sticker》一文吧？画了几个六角贴，纯代码生成。时隔半年，原来的ggtree已经分成了treeio和ggtree两个包，而我也做了这两个包的六角贴，终于我花了289美元印了一大波贴纸+磁贴。
