想要分段标记bootstrap,比如0-70
, 70-90
, 90-100
之类的。这个对于ggtree来说,太简单。
首先我们要读树,用treeio
的read.newick
,它和read.tree
的不同之处是,加入了参数node.label
,当node.label
存的不是label
,而是bootstrap
等数字型的时候,你可以传入node.label='support'
,这样它会把node label解析为support value,另存为树注释数据,而不是和tip label混在一起。label变量只能存为字符型,因为和tip label混了,而字符型会让数字操作稍微复杂点。所以我们要用read.newick
。
tree <- read.newick("RMI.phy_phyml_tree_rooted_labeled.txt", node.label='support')
root <- getRoot(tree@phylo)
p <- ggtree(tree, color="black", size=1.5, linetype=1, ladderize=TRUE) +
ggtitle(label="Figure A") +
geom_tiplab(size=4.5, hjust = -0.060, fontface="bold") + xlim(0, 0.09)