Hi,

I know this question has been asked before a long time ago and I don’t see an answer of that question in the mailing list or in the vignette of GOsemsim package. So I was wondering what is the easiest possible way of calculating GO semantic similarity value for orthologus gene pairs between two species using the above R package or any other package you know of. I am not doing this for less annotated species I need to calculate that for orthologus genes between Human and Mouse (both of which are well annotated IMHO). So I would much appreciate it if anyone who has already done this before can point me to a resource which already has pre-calculated semantic similarity values for Mouse and Human orthologues or has inbuilt code to do that.

Thanks & regards

这是Bioconductor support site上的问题,问的是他想要计算人类和老鼠的直系同源基因通过GO注释来计算语义相似性,问GOSemSim是否支持,这个答案是yes and no。

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ppiPre抄袭了GOSemSim的代码,证据当然非常充分,比对一下代码就知道了,我在Proper use of GOSemSim一文中,做出了一些比较,另外也可以参考github页面,github记录了ppiPre被暴光抄袭之后所做的修改。 从我给BMC Systems Biology的编辑反馈这件事开始,在这铁板钉钉的事实面前,编辑拖了整整一年,而这一年时间过去了,ppiPre仍没有被编辑部受理。从最早反应这件事情,编辑信誓旦旦说他们很重视这种事情,到后面对我的邮件视而不见,我愿意相信编辑部处理这些事情,需要时间,他们有自己的规则,但一年的时间,不回邮件,冷处理以淡化此事,这绝对不是应该有的规则。 在编辑一直无视我的情况下,我写出了Proper use of GOSemSim一文,列举了一些一模一样的代码,并告知CRAN,当ppiPre被CRAN移除时,我写信给编辑,这时候,编辑告诉我说他们准备要去联系作者了,这时候已经过去半年了,是的!你没有看错,半年过去了,编辑说他们还没去联系作者!我是不相信的。必然是联系了之后,有某些不为人知的原因,所以编辑态度反常,对抄袭这种打鸡血的事情,不断在打太极。

再过二个月,ppiPre的作者邓岳给我写了信:

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08年的时候,结合mRNA芯片和miRNA芯片数据,做靶标预测。某一天晚上,没睡着,想到可以通过靶标来计算miRNA的相似性,正好可以利用当时写的软件包GOSemSim来计算。

09年看到BMC Systems Biology上有一篇文章,利用miRNA所调控的蛋白相互作用网络对miRNA进行聚类,当时我就觉得,利用靶标来计算,这想法不发出去,它就不再新鲜了。

记得Watson说过,科研有三大动力,其一是赶在竞争对手之前,其二用于泡妞,其三,忘记了-,-

第三点和Watson对不上,所以记不住,第一是DNA双螺旋时,谁看到那个X射线衍射结果,谁拿炸药奖,Linus Pauling当时是他们最大的竞争对手。第二点是Watson 39岁时,娶了自己的学生,19岁。

08年的时候,算好了相似性矩阵,这事就一直掠着。老板压着我第一篇文章没发,这是最主要的原因,当然自己当时在搞申请,也有影响。

毕业后,我想把它扔了。

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Guangchuang Yu

a senior-in-age-but-not-senior-in-knowledge bioinformatician

Postdoc researcher

Hong Kong