Scientific Report上有一篇文章是抄袭的，然而杂志最终决定不撤稿，而被抄的人是Johns Hopkins的，于是jh的人全都要离开Scientific Report的编委。我也被人抄了不撤稿，然而我人微言轻，不单被编辑部欺负，还要被我们国内生信界的网红欺负。
SR与jh的事情，我和BMC的故事，是相似的，我们可以想像这样的学术界惨剧比想像中的要多。学术圈，真是有时候得呵呵哒。
My friend who doing his PhD study at Johns Hopkins just send me the link about a SR paper of plagiarism. I have very similar experence of a paper published on BMC Systems Biology, which plagiarized my work and the editor just decided to publish an erratum.
Deng etc. published an R package, ppiPre, that copied source code of my package, GOSemSim, and pretended that they developed these algorithms by themselves in their paper.
Here is the screenshot of the source code (left: ppiPre, right: GOSemSim).
You can find out more on my blog post.
As a developer of several open source software, I am glad that someone find my source code useful and happy if someone use my source code to make something better. But I am not happy if someone copies my source code by removing author information and changing function names to pretend the code was developed by himself. The situation is even worse in academic. Taking someone else’s works and passing it off as one’s own is definitely plagiarism and not allow in academic.
连遮羞布都不要，难道这是个一被子的故事?
事情开始于我整理并曝光了西安电子科技大学一个讲师读在职博士期间抄袭了两篇文章，并顺利拿到学位晋升为副教授的故事。
亮点1: 期间发现了一条抄袭链，GOSim被DOSim抄，而DOSim又被HPOSim抄，抄袭者都在文章中把抄来的算法实现当成自己做的东西来介绍。
亮点2: ppiPre抄袭GOSemSim的文章，我跟BMC Systems Biology反馈了，而编辑部竟然各种包庇，最后抄袭者两面三刀，和编辑部黑箱操作，在未告知我的情况下，出来一个洗地的Erratum，把抄袭说成不好意思，忘记引用了。
整个过程连载于以下四篇文章中：
如果想要分享这整个过程，可以分享以下这个汇总的文章：
薛宇这篇《BMC Systems Biology没有学术不端》写作水平还真是高啊，先来个不拉干的小事情，用了软件没引用，来铺垫并以此对抄袭事情进行定位/定性。再来一堆论据和结论不相关的逻辑来论证，好像很有道理的样子，不明真相（没有读我的4篇连载）的群众很容易就掉坑里了。
首先讲了他和R教授的故事，那只不过是用了工具没引用而已，和抄袭是两码事！试图把抄袭写成与此类似的「忘记引用」！
比方说我给R教授写信，就只是问有没有用我的工具。都是聪明人，话不需要说的那么透，点到为止就得了。那您要问，如果人家不回信或者耍赖说没用呢？很简单，三天不回信我会立马写信杂志社，说作者用了我的东西并且刻意没有引用也没有致谢，态度极其恶劣建议撤稿，并且把我三天前发的信抄给编辑作为证据。
为了把抄袭这种严重的事情与用了工具没引用这种简直太常见且不值一提的小事做类比，薛宇教授是用心良苦啊，把小事给说大了！
这就是牛逼之处，我不得不服，用小事与大事类比，将大事说小！将小事说大，让大事化小于无形中。
有德国学者使用了GOSemSim的代码设计了预测蛋白质相互作用的工具IntScore，发表在2012年的核酸研究上，作者专门写了一节来介绍GO的语义学相似性并且标明引用，所以这篇文章符合学术规范，没有问题。我们再看看DOSim，这篇文章里注明了GO注释的分析使用的是GOSim并且加了引用，所以也没有问题。
这段话很有水平，首先是不对等类比，以2012年NAR的符合学术规范的文章来类比一篇抄袭文章，试图化抄袭于无形中。
我们来看所谓的一节专门介绍和标明引用是怎样的：
we’re talking about people who already are skating on the ethical edge (as scientists, we should always respond to serious criticism; if we don’t, that’s bordering on ethical violation already) – Andrew Gelman对此事的评论
我原以为邓岳是个学生，我的本意是要给他一个教训，制止这种行为，我不出来给他这个教训，早晚他也会为自己的投机付出代价，而且如果以后出现多次抄袭，直接会导致无法继续在学术界生存。后来我发现他还是个讲师，我觉得更不应该了，编辑部必须要对这件事做出处罚。这就是我的本意，让邓岳认识到错误，并为此付出应有的代价。
然而编辑一直不做为，就逼得我只能借助于舆论，我本无意于去网上传播这件事，我写的博客，都是针对编辑部，最后我对编辑提议的处理方式表达不满之后，编辑就消失了，再也不回应邮件。我只能再写博客，再发动舆论，联系之前高调出来说撤稿了43篇文章的那些编辑，推特上也骚扰他们。微博上也AT西电官方微博，求转发之类的。虽然我没有想去闹大事情（尼马我也不想花时间扯这些蛋啊），但BMC就是逼着我跟他斗，而事情闹越大，对抄袭的人来说，越是不利，搞不好学术界就不用混了。谁都不傻，所以终于坐不住给我写信。
其中说到“1、2月份和您邮件沟通”，只是说了按照CRAN policy改了代码，并把我列为作者，而后面我回应把我名字从软件包作者中去掉而已。
他的邮件大概讲了和编辑并无操作，软件包已经按要求更新，犯错是源自于无知。
50%的利润,它就铤而走险；
100%的利润,它就敢践踏一切人间法律；
300%的利润,它就敢犯任何罪行,甚至绞首的危险.
–马克思 《资本论》
ppiPre抄袭GOSemSim，然后我发现他还发了一个叫HPOSim的R包，又是语义相似性度量，我的第一反应是必须还抄我的，他要是有能力写出来，就不会抄GOSemSim了。然而我看了一下代码，确实不是抄我的！这他妈就奇了怪了!
做语义相似性度量也就那么几个包，我看了一遍之后，发现HPOSim抄了DOSim，你妹啊，用心良苦，同样/相似的东西换不同的包来抄！抄袭惯犯了，事实证明，走捷径的人，是不可能好好走路的，一旦尝到了甜头，必然是铤而走险！
以下两个截屏，大家感受一下，左边是HPOSim，右边是DOSim：
抄袭的是西安电子科技大学的讲师，靠着两三篇抄袭的文章，已经是副教授了。
这种抄袭的事情就应该暴光，这个事件中，更可恶的是BMC，BMC这种保护抄袭的行为更应该暴光，大家不要再给BMC送钱了，还不如发PLoS One。
公众号有人评论说：
这竟然也被捕捉到了，确实他在2012年的时候，就在copy我的代码，然后打R包的时候，还请教了我：
