Guangchuang Yu

a senior-in-age-but-not-senior-in-knowledge bioinformatician

食色性也

Nov 21, 2016 - 1 minute read - Comments VisualizationR

画图配色并不是一件简单的事情,好的配色让人眼前一亮,虽然R有很多配色方案,做为ggplot2的爱好者,ggthemes也提供了很多主题,内置了很多配色方案,还有一些其它的包,比如ggtech,包含了一些科技公司比如facebook, twitter, google的典型配色方案,甚至于ggsci,提供了nature, lancet的配色方案。

但这些远远不够! 但这些远远不够! 但这些远远不够!

看到一张图片让我眼前一亮,我想用它的配色方案呢!我想拿最新电影的海报的配色来装个逼呢!画图时不想用现成的配色,想要另类一些,我想用一些大自然的风格,比如求偶期间各种鸟类的羽毛颜色来画!

这些在R里面,都是可以的,可以的,可以的…

DNA序列差异作图

Nov 19, 2016 - 1 minute read - Comments VisualizationR

这是高老师文章里的图,每一个小图都是通过比较两条比对序列差异而做出来的,从图A和B中可以看出,CF_YL21有可能是Mont和Oz两条序列重组而来。高老师自己做出这图后,深知手工统计序列差异、画图、拼图之困难。问我有没有办法读两条序列,生成一个图。

blast一大坑:无法输出query sequence title

Nov 17, 2016 - 1 minute read - Comments Biology

通常做blast,我都是输出asn格式,然后用blast_formatter抽出需要的信息写成表格格式。

序列的description行当然不会有重复,但是ID (第一个空白前面的字符)是有重复的,从qseqid来看,就分不清是那个序列,于是准备让blast_formatter把query title(整个description line)给输出来,结果仔细阅读了blastn -help发现不支持呀不支持!然而它支持stitle和salltitle,也就是subject的可以,但query的不行,这绝逼是一个大坑!_| ̄|○

ggtree: reverse time scale

Nov 8, 2016 - 1 minute read - Comments VisualizationR

这是最近github上的问题,如何反转time scale,也就是把最近的时间设为0。而内部节点为距今多少年,这个很容易,把x轴的值变成x-max(x)就可以,感觉这个也只会在时间树上使用,所以取名revts(reverse time scale),revts之后,x轴最大值是0,其它为负数,可以使用scale_x_continuous改label为绝对值。