I am trying to add a scale to an unrooted tree with
geom_treescale, but when I use it, the tree completely collapses and I am not able to set anything that fix it. Anybody has any idea on how to do it ?
google group里的问题，说他加geom_treescale之后，树被压缩了，由于他没有给出可重复性的例子，所以我们并不知道情况到底有多么糟糕，但这种情况是可能发生的，因为加treescale这种东西，默认情况下geom_treescale会自己去计算该加多大的scale bar，该放在什么位置上，而这种默认情况是基于rectangular布局来的，在假设的情况下，都不可能尽善尽美，假设不成立的情况下当然有可能搞得很差。
有小伙伴在说可以用par(mar)来设置画图的margin，但不能应用于ggplot2，这个可能很多新手都会很困扰，可能需要一段时间的探索之后，才能发现原来是用theme来设定。
这当然你可以归结于说ggplot2和base plot是不同的东西，但从实质画图参数这一点而言，并没有什么同与不同，无非是设置的方式不同而已，而这种方式都是人定义的，我们完全可以人为定义它们兼容。
想当年还在读本科那会，debian还是比较阳春的东西，然后就被ubuntu给普及了，ubuntu我实际上是不喜欢的，如果有linux的问题，搜出来是ubuntu的链接，我基本不会点开，ubuntu用的人实在太多，而且是特别多的小白，真正好的发行版是gentoo和arch，文档齐全，小白少。我目前使用的就是arch，因为gentoo实在是笔记本吃不消天天在编译。
Hello all,
When I plot some data using ggtree, the out groups are on a very long branch length. The out groups are 75 and 76 in the example below.
I would like to keep the out groups in the tree but ignore their branch lengths to make presentation easier.
像这样的通路图，基本上都是手工画的，也有几个软件可以做这事，但都不流行，毕竟也没啥，无非是素材，所以多半还是素材+熟悉的软件，比如有illustrator、fireworks以及最受欢迎的powerpoint。像illustrator很多人已经很熟，或者powerpoint绝对够傻瓜操作，我们需要的只是素材，自制素材也是可以的，但费时且有时候还不够好看。很多人还在费力收集网上可以下载到的各种素材，很多素材覆盖面不够广，而不同来源的素材混搭有时候会有种画风不对的感觉。
眼看着2月14号就要到来了，又是一年一度的画红心装13的时候，这种事情已经被我BS了，请猛击：《画❤️装geek什么的，都弱爆了！😜》。红心已经没什么好画的了，特别是在我画了生日蛋糕，并用蛋糕画红心之后，《130岁了，祝你生快》，是驴子是马，都没法晒肌肉了。当然红心还是会有所谓的理工宅男晒，除此之外还会有各种花招，来给单身狗撒狗粮。想要加入撒狗粮大军的，快点看《如何告别单身》。
余光创 香港大学 生物信息学 博士，目前在港大从事博士后工作 求职意向：副教授以上 地点：主要意向是广州和深圳
简历：https://guangchuangyu.github.io/resume/YGC.pdf
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