食色性也

画图配色并不是一件简单的事情,好的配色让人眼前一亮,虽然R有很多配色方案,做为ggplot2的爱好者,ggthemes也提供了很多主题,内置了很多配色方案,还有一些其它的包,比如ggtech,包含了一些科技公司比如facebook, twitter, google的典型配色方案,甚至于ggsci,提供了nature, lancet的配色方案。

但这些远远不够! 但这些远远不够! 但这些远远不够!

看到一张图片让我眼前一亮,我想用它的配色方案呢!我想拿最新电影的海报的配色来装个逼呢!画图时不想用现成的配色,想要另类一些,我想用一些大自然的风格,比如求偶期间各种鸟类的羽毛颜色来画!

这些在R里面,都是可以的,可以的,可以的…


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这是高老师文章里的图,每一个小图都是通过比较两条比对序列差异而做出来的,从图A和B中可以看出,CF_YL21有可能是Mont和Oz两条序列重组而来。高老师自己做出这图后,深知手工统计序列差异、画图、拼图之困难。问我有没有办法读两条序列,生成一个图。


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通常做blast,我都是输出asn格式,然后用blast_formatter抽出需要的信息写成表格格式。

序列的description行当然不会有重复,但是ID (第一个空白前面的字符)是有重复的,从qseqid来看,就分不清是那个序列,于是准备让blast_formatter把query title(整个description line)给输出来,结果仔细阅读了blastn -help发现不支持呀不支持!然而它支持stitle和salltitle,也就是subject的可以,但query的不行,这绝逼是一个大坑!_| ̄|○


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这是最近github上的问题,如何反转time scale,也就是把最近的时间设为0。而内部节点为距今多少年,这个很容易,把x轴的值变成x-max(x)就可以,感觉这个也只会在时间树上使用,所以取名revts(reverse time scale),revts之后,x轴最大值是0,其它为负数,可以使用scale_x_continuous改label为绝对值。


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Update R packages

更新R较为无痛的方法已经在hello yosemite一文中提及。今天Bioconductor发布3.4版本,又是更新R包的时候了。

之前为了吐槽很多人问问题都是在使用早已不维护的老版本,写了rvcheck来帮忙检查版本。既然能够帮我们检查版本,自然能够帮忙升级。

使用rvcheck::update_all()可以自动更新CRAN, Bioconductor和Github上的R包。其实可以放到系统任务里,每月自动更新一次,然后就可以完全不用管升级的事情。


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不记得是什么时候知道统计之都的,但我记得最早知道的是太云,因为我用了他写的corrplot包。后来统计之都最早接触的也是太云,他给我写邮件问我能不能帮忙校对《ggplot2:数据分析与图形艺术》,从此开始和太云变成了网友。

我在暨大的时候,太云曾经邀请我去China-R会议做报告,但我觉得自己没什么好分享的,GOSemSim这个包是硕士的时候做的,不好去讲之前做的东西。而当时我写的另一个包clusterProfiler,纯粹是因为大量做富集分析的工具都是针对模式生物,而我们实验室有做各种细菌;另外有一些工具,背景设置是有问题的。自己实现一个包,不受别人的限制。即便是这个包现在受到了一定的认可,比如BioC 3.3中有个debrowser的包使用了clusterProfiler,而在BioC 3.4中又有个新包bioCancer也使用了clusterProfiler;再比如这次在北京,有好几个参会的人员在茶歇时问了clusterProfiler的问题。但始终觉得这只是个实用性的包而已,算法是别人的,而且已经比较老了,类似的工具简直就是成百上千。所以也是不好意思拿出来讲的。所以我拒绝了太云的邀请,一直也没有参加China-R的会议。

今年是第九届China-R会议,这次会议规模很大,有22个分会场,超过100个演讲嘉宾,参会人数超过4000人。这一次刚好有个Bioconductor的分会场,Matt写信给我,说我写过几个Bioconductor包,他本人喜欢我的ChIPseeker包,问我能否在会上分享与Bioconductor包相关的经验。这是Bioconductor在中国的首秀,我欣然接受,当然也是因为这两年我写了ChIPseekerggtree,我自己觉得还拿得出手🙈。


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Guangchuang Yu

a senior-in-age-but-not-senior-in-knowledge bioinformatician

Postdoc researcher

Hong Kong