I am trying to add a scale to an unrooted tree with geom_treescale, but when I use it, the tree completely collapses and I am not able to set anything that fix it. Anybody has any idea on how to do it ?

google group里的问题,说他加geom_treescale之后,树被压缩了,由于他没有给出可重复性的例子,所以我们并不知道情况到底有多么糟糕,但这种情况是可能发生的,因为加treescale这种东西,默认情况下geom_treescale会自己去计算该加多大的scale bar,该放在什么位置上,而这种默认情况是基于rectangular布局来的,在假设的情况下,都不可能尽善尽美,假设不成立的情况下当然有可能搞得很差。

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有小伙伴在说可以用par(mar)来设置画图的margin,但不能应用于ggplot2,这个可能很多新手都会很困扰,可能需要一段时间的探索之后,才能发现原来是用theme来设定。

这当然你可以归结于说ggplot2和base plot是不同的东西,但从实质画图参数这一点而言,并没有什么同与不同,无非是设置的方式不同而已,而这种方式都是人定义的,我们完全可以人为定义它们兼容。

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想当年还在读本科那会,debian还是比较阳春的东西,然后就被ubuntu给普及了,ubuntu我实际上是不喜欢的,如果有linux的问题,搜出来是ubuntu的链接,我基本不会点开,ubuntu用的人实在太多,而且是特别多的小白,真正好的发行版是gentoo和arch,文档齐全,小白少。我目前使用的就是arch,因为gentoo实在是笔记本吃不消天天在编译。

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Hello all,

When I plot some data using ggtree, the out groups are on a very long branch length. The out groups are 75 and 76 in the example below.

I would like to keep the out groups in the tree but ignore their branch lengths to make presentation easier.

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像这样的通路图,基本上都是手工画的,也有几个软件可以做这事,但都不流行,毕竟也没啥,无非是素材,所以多半还是素材+熟悉的软件,比如有illustrator、fireworks以及最受欢迎的powerpoint。像illustrator很多人已经很熟,或者powerpoint绝对够傻瓜操作,我们需要的只是素材,自制素材也是可以的,但费时且有时候还不够好看。很多人还在费力收集网上可以下载到的各种素材,很多素材覆盖面不够广,而不同来源的素材混搭有时候会有种画风不对的感觉。

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一千个伤心的理由

眼看着2月14号就要到来了,又是一年一度的画红心装13的时候,这种事情已经被我BS了,请猛击:《画❤️装geek什么的,都弱爆了!😜》。红心已经没什么好画的了,特别是在我画了生日蛋糕,并用蛋糕画红心之后,《130岁了,祝你生快》,是驴子是马,都没法晒肌肉了。当然红心还是会有所谓的理工宅男晒,除此之外还会有各种花招,来给单身狗撒狗粮。想要加入撒狗粮大军的,快点看《如何告别单身》。

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Guangchuang Yu

a senior-in-age-but-not-senior-in-knowledge bioinformatician

Postdoc researcher

Hong Kong