陈同的‘生信宝典’公众号出了篇《R语言学习 - 富集分析泡泡图》，搞个shell脚本，一步绘图。讲了这个脚本可以适用于clusterProfiler和其它软件的富集结果。
浑身都是硬伤，我都不想吐槽，但由于作者邀请我提点，那就吐槽模式全开。
从出的图看，应该是ggplot2画的（就算猜错，要吐槽的依然正确），小白在web-server上做了分析，存结果为xls文件，拿你这脚本，一跑报错。读xls文件（别告诉我你跟用户说读xls但其实是个tsv）和画图的依赖关系没解决！用户友好在那里？不要告诉我你的脚本0依赖，有个shell就能跑，即使我们熟悉的各种命令，很多都是独立程序，不关shell什么事。
既然讲了clusterProfiler，那么clusterProfiler用户笑而不语了。我们用dotplot不也是一条命令出图，为什么要退出R，去跑你的shell脚本，这过程还得转换数据，存储数据。最后的这一步，是前面+N步为代价的。
在《ggplot2字体溢出的那点破事》一文里，我介绍了字体溢出的解决方案。在《wrapping labels in ggplot2》一文中介绍了怎么把长文本截断自动换行，这些都是非常常见的问题，最近关于溢出就又有人提问了：
在《ggimage：ggplot2中愉快地使用图片》一文中，我展示了「嵌套式绘图」，中间生成了多个饼图，再用这些产生的饼图用于做图，绘制出饼图版的气泡图：
当时还通过每次只画一个州的数据，来演示制作动图：
CRAN刚上线的新包geofacet，可以让ggplot2分面按指定的地理位置来，比如下面的数据，美国各州各项指标的排名：
head(state_ranks)
state name variable rank
1 AK Alaska education 28
2 AK Alaska employment 50
3 AK Alaska health 25
4 AK Alaska wealth 5
5 AK Alaska sleep 27
6 AK Alaska insured 50
我们正常画图是这样子的：
本文介绍了ggimage包，允许在ggplot2作图时嵌入图片，并支持aes映射，可以把离散型变量映射到不同图片。目前有几个包可以使用图片嵌入做图，但都是针对特定的场景，这里使用ggimage来展示在这些特定领域里的应用，ggimage的设计是通用的，并不被特定场景所限定，文末又介绍了用R图标来画出R、用饼图来画气泡图等实例。
R 基础图形库（base graphics）可以在做图的时候嵌入图片，使用的是graphics::rasterImage：
imgurl <- "http://phylopic.org/assets/images/submissions/295cd9f7-eef2-441e-ba7e-40c772ca7611.256.png"
library(EBImage)
x <- readImage(imgurl)
plot(1, type = "n", xlab = "", ylab = "", xlim = c(0, 8), ylim = c(0, 8))
rasterImage(x, 2, 2, 6, 4)
