大家是否还记得我写的文章《画个小圈圈》？里面吐槽了ggpubr这个包的存在是制造混乱，徒增学习成本。我们知道ggplot2包里有个qplot函数，而在《ggplot2》的第一版中，hadley先用了一章介绍qplot，再介绍grammar of graphics，然后这个qplot就被吐槽，先入为主，给学习grammar of graphics，学习ggplot2语法制造了不必要的麻烦。然后如果你看《ggplot2》第二版，你就会发现qplot这一章被删掉了。我说ggpubr制造混乱，徒增学习成本并不是为了吐槽某公众号，而是实事求是。

我并不反对封装，我并没有强迫症说大家一定要用ggplot2图形语法，而不能封装函数，我想我在《画个小圈圈》已经说得很清楚了，封装画图的包，按我的观点是要么卖了数据处理的专业知识，要么卖了画图的专业知识。如果一个包做的封装太过于简单，像ggpubr这种，数据必须是用户整理好的data.frame，而画图只是简单的两三个图层的叠加，那么当然可以减少你敲键盘输入，然而影响了初级用户学习ggplot2，复杂的东西，我们当然想要用封装好的函数，等你自己啥都搞懂了，老板都要跟你掀桌子了。简单的东西也可以封装，减少输入嘛，只是特别不适用于ggplot2的图层，简单的设定你写个主题，我都举双手赞成，但两三个图层的简单拼凑我不支持，因为图层是积木，大家学习就是要对积木熟悉，然后才能搭出复杂的东西出来。特别简单的图层叠加正是你熟悉积木的时候，你不多敲点键盘，做为练习，又怎么能做出稍复杂点的东西呢？

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很多人都在学ggplot2，也有很多「高手」，比如你搜索「精通ggplot2」，你甚至会看到各种「从入门到精通」的课程，然而都是各种照猫画老虎的入门菜谱而已，当然广大群众去上课也可能只是为了求菜谱好在需要的时候，可以copy-paste而已。

ggplot2学习容易，因为无非是图层叠加，而图层的参数一致性非常好，网上也有很全的文档。然而要深入很难，比如你想干点什么是ggplot2自身没有支持的，你需要自己去hack，需要用到更底层的东西的时候，一般情况下，会无从入手，尝试之后才知道什么叫绝望！因为ggplot2套路实在是太深。

正如我在《听说你还不会画热图》吐槽的，有些所谓的「高手」实际上连ggplot2底层是什么都不知道！然后可以把ggplot2吹上天。很多人根本不知道当你打下ggplot这个命令的时候，到底发生了什么？要理解ggplot2并不容易，正如前面所说「套路太深」，没有金钢钻，读不了它的代码，有没有一个简单点的包，能够读懂代码，并且有助于理解ggplot2呢？我想我的meme包就非常好，虽然仿的有点肤浅，然而胜在简单，看过下面这两篇文章的，都知道这个包在做什么。

• 用R画meme ;)
• 使用外部字体画meme

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I am trying to add a scale to an unrooted tree with geom_treescale, but when I use it, the tree completely collapses and I am not able to set anything that fix it. Anybody has any idea on how to do it ?

google group里的问题，说他加geom_treescale之后，树被压缩了，由于他没有给出可重复性的例子，所以我们并不知道情况到底有多么糟糕，但这种情况是可能发生的，因为加treescale这种东西，默认情况下geom_treescale会自己去计算该加多大的scale bar，该放在什么位置上，而这种默认情况是基于rectangular布局来的，在假设的情况下，都不可能尽善尽美，假设不成立的情况下当然有可能搞得很差。

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有小伙伴在说可以用par(mar)来设置画图的margin，但不能应用于ggplot2，这个可能很多新手都会很困扰，可能需要一段时间的探索之后，才能发现原来是用theme来设定。

这当然你可以归结于说ggplot2和base plot是不同的东西，但从实质画图参数这一点而言，并没有什么同与不同，无非是设置的方式不同而已，而这种方式都是人定义的，我们完全可以人为定义它们兼容。

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想当年还在读本科那会，debian还是比较阳春的东西，然后就被ubuntu给普及了，ubuntu我实际上是不喜欢的，如果有linux的问题，搜出来是ubuntu的链接，我基本不会点开，ubuntu用的人实在太多，而且是特别多的小白，真正好的发行版是gentoo和arch，文档齐全，小白少。我目前使用的就是arch，因为gentoo实在是笔记本吃不消天天在编译。

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Hello all,

When I plot some data using ggtree, the out groups are on a very long branch length. The out groups are 75 and 76 in the example below.

I would like to keep the out groups in the tree but ignore their branch lengths to make presentation easier.

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像这样的通路图，基本上都是手工画的，也有几个软件可以做这事，但都不流行，毕竟也没啥，无非是素材，所以多半还是素材+熟悉的软件，比如有illustrator、fireworks以及最受欢迎的powerpoint。像illustrator很多人已经很熟，或者powerpoint绝对够傻瓜操作，我们需要的只是素材，自制素材也是可以的，但费时且有时候还不够好看。很多人还在费力收集网上可以下载到的各种素材，很多素材覆盖面不够广，而不同来源的素材混搭有时候会有种画风不对的感觉。

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