when I recalled the switch function, it always gave the first element, no matter what the parameter is.
when organism changed to “yeast”, and called switch function, species supposed to be changed to “Sc”, but it remains it’s original value.
写给某个小朋友看，希望我的一点看法，能有用。欢迎讨论。。
为什么会有编程语言？
计算机史前有过不同的理论，但最后活下来的，只有图灵机一个模型。现在的计算机，都是基于此发展的，跟二战前那个三层楼高的计算机，没啥区别，那个机器一堆开关，人工操作。CPU做的计算也是开关的逻辑计算。所以计算机的语言是01二进制，一开一关，告诉计算机要不要发出电子脉冲。写一个程序全是01数字组成的，对于人来说是mission impossible！所以必须要有编程语言。编程语言就是为了抽象计算机机械原理的一面。
LOAD A ADD B STORE C
实现两个数的加和，这是人类可读的语言，而不是一串01所组成的不可读的机器语言。
抽象是最关键的。所有的编程语言都是为了实现抽象。越是高级的语言，抽象度越高，抽象度越高越好！
> source("code.R") #载入写好的代码
> package.skeleton(name="pkgname", list=c("function_name_list"))
# 生成R源码包的目录结构
到man目录下改*.Rd文档。latex格式。这是包和函数的帮助文档。
如果需要vignette文档的话。在包目录下，新建inst/doc，在里面写pkgname.Rnw文档。基本上是latex格式，不过允许你插入R代码。make的时候，会先跑代码。再自动转换成latex，再编译成pdf。
$ R CMD check pkgname
# 检验代码和文档。这个很重要。通常一些小问题都能在这一步发现。
$ R CMD build pkgname
# 打包，源码包格式
$ R CMD build --binary pkgname
#编译后打包，二进制格式。
翻看了以前写的使用Newton-Raphson Method求一个数的开方，想到其实也可以用中值定理来实现。 中值定理：f(x)是一个连续性的函数，在[u,v]区间内，当c的值位于f(u)和f(v)之间时，至少存在一个点，满足f(x) = c 当f(u)和f(v)一正一负时，那么在[u,v]之间至少有一个根的存在，这个定理本来就是拿来证明根的存在的，但是其实也可以用来求解根。
几年前自己总结出来的，就两个字“标记”，可以概括大部分的生物学实验的基本原理。 这个方法，中国人民老早就在用了，八仙张果老成仙那段，张果老吃的人参精，就是因为被弄了根绣花针才被捉的，还有蓝色的葫芦娃，会隐身，小时候看的，记不清怎么被捉的，肯定也是被标记了。。
生物学实验都是些看不见，摸不着的东西，所以基本上都是使用这个方法，看不见的，我们拿看的见的去标记它，测不着的或者不好测的，拿可以测容易测的去标记它。很多的实验手段，其实最初都是很简单的，为了提高灵敏度和精度，不断改进，越来越烦琐，抑或者出现了一些分支。通常这时候，最初那个简单的，最根本的东西就被人所忘记。看到的尽是表面上的细节。至少现在的书太二了，本来基本上一样的实验，阐述原理的时候被描成了两样的东西。
同位素标记，荧光标记自不用说。芯片实验也是标记，array上的spot序列是已知的，它会跟什么基因杂交，也是已知的。我们并不知道会有什么基因表达，但是当抽提的东西，跟某个spot有杂交信号的时候，我们就知道某个基因有表达。这就是标记。还有我们需要知道表达的量，这个依然不好测。同样也是使用标记，用cy3或cy5来标记，通过检测荧光的强度，就知道了表达的量。
所有的杂交实验都是标记，southern blot, northern blot, western blot都是。不管是核酸还是蛋白，不管它是用什么介质。都是用一个已知的，去标记一个未知的。通过测已知来估计未知的东西。
跑胶的时候，拿去紫外灯光下看。同样也是因为标记。DNA我们是看不到的，但是在DNA下嵌入了EB，可以在紫外灯光下看到EB，所以我们也就看到DNA。
所有的切片，都是在做标记，不管是用于光镜还是电镜，其实电镜本身和光镜是没本质区别的，因为可见光的波长范围很有限，电子也是一种波，成像原理是一样的，只是我们不能直接看到而已。使用电子是为了突破可见光的局限而已，使用光镜需要对细胞进行染色，使用电镜也是一样，不过染的不是染料，而是金属。
测蛋白，用考马斯亮蓝染。在280nm有吸收，那是因为苯环的共轭电子对。虽然不是标记上去的，但也可以这么想，反正是测一个我们已知的东西，来估计未知道的东西。
DNA测序，给四种碱基标上不同的荧光。
还记得脂肪代谢是怎么被揭开的吗？使用接了苯环的脂肪酸喂马，收集马尿去检验，因为马不能代谢苯环。所以拿苯环去标记脂肪酸。
还有那个DNA还是蛋白是遗传物质的实验，肺炎双球菌实验。分别用S和P的同位素标记蛋白和DNA。
还有一些看似不是标记的，其实也是标记，比如酵母双杂交，因为转录因子都有一个DNA-binding domain和一个RNA-binding domain，我们并不能直接检测到蛋白X和Y是否有相互作用，但我们可以表达溶合蛋白DBD-X和RBD-Y，如果XY有相互用用的话DBD和RBD就会在一起，就是一个有功能的转录因子，就可以转录报告基因，检测到报告基因，就表明了XY有相互作用，这就是标记，拿DBD和RBD去标记X和Y，通过DBD和RBD的行为去估计X和Y的行为。
DNA重组也使用标记，我们无法直接检测到是否重组了，是否在需要的位点重组了，所以使用了报告基因来做标记，检测到报告基因了，表明重组了，使用抗药基因，在加了药物的培养基上筛选，活下来的表明重组正确。当然有假阳性。抗药基因也是“标记”。
基本上绝大多数的实验原理，最根本的一个想法，就是使用一个已知的，或者容易检测的，去标记一个未知的，或是难以检测的。
实验的手段太多了，很多人搞不清原理。做实验的人，通常就是照着实验手册，一步一步在加东西而已。只要稍微思考一个，很多东西，其实不用记。细节的东西不需要记，需要的时候查就行了，当是基本的原理还是需要理解的。不然白学了。
很多人觉得生化就是一堆描述性的实验结果。其实很多东西也是不需要记的。举个例子，比如说DNA转录的时候，组蛋白会被乙酰化，这个细节很多人就是死记下来的，当然国内的书太二了，很多书没说乙酰化的位点是Arg和Lys，不过告诉这个事实，很多人还是死记下来。其实想一下，理解了，就不用记。为什么是这两个AA，而不是其它的？组蛋白之所以带正电就是因为富含这两个AA，这两个AA都有-NH，带正电，正是由于乙酰化了这两个位点，屏蔽了正电，DNA是带负电的，所以乙酰化之后正负电引力变小了，结构就松散了。有利于转录。这个东西就变得理所当然一样，根本不需要记。
今天看了一篇文章Can a biologist fix a radio?, 作者讲了个悖论，越多事实的积累，对于所研究的process理解的越少。
这确实是现在的现实。许多的科研结果，其实就是便这个本来很混乱的世界更加混乱。文中还讲到了科研的淘金热。昨天我正好看到了science上的文章说impact factor fever。当科研成为一种职业，真正对科学有热情的scientist并不多，更多的人仅仅是为了拿grant，要拿grant，就要发高分的文章，哪里好发文章，那里就有一堆人在抢。顺带一下，大家都说生物是火坑，其实学科在发展的初期，对于科研人员来说还是有利的。如果说工作的话，确实是火坑，其实生物是个暴利行业，如果你身在火海中，那是因为你处于生物链的最底层。
