取子集对于进化树可视化来说是非常常见的，我们要区分内部节点和外部节点，我们也可能想针对某些特点的节点进行注释。
ggplot2现在所有图层都不支持直接取子集，所以呢ggtree就自己定义了一些修改的图层，包括geom_text2, geom_label2, geom_point2 和 geom_segment2，这些图层和ggplot2的版本唯一差别就是支持取子集。这样对于我们做注释来说，就更方便了。
比如说我想给内部节点打点，可以用：
ggtree(tree) + geom_text2(aes(label=label, subset=!isTip), hjust=-.2) +
geom_point2(aes(subset=!isTip), color="red", size=3)
据说1024是程序员的节日，就在这一天，Y叔开始了第一次的网络讲座，首次在网络上露面。内容就是上一周预告的《线上沙龙》。
很多人想要学ggplot2 + ggtree，但我的定位不是技术性的培训，而是学术讲座，所以一开始把问题摆出来，是有一些问题存在，有knowledge gap，然后我要去解决它。当然考虑到听众的knowledge gap也很大，我在介绍ggtree的之前，也帮大众撸了一篇R的画图，在这简短的时间里，你应该了解了R几个画图系统的关系，base和grid我在slides里写graphic system，但lattice和ggplot2我写的是data visualization system，我对它们是有区别对待的，像lattice和ggplot2自己是不成一体的，但提供了高阶的数据可视化方法/语法。听完讲座你也应该了解ggplot2，知道要怎样去入门，知道重点该学什么。
最初github上用户（@JustGitting）报告说geom_hilight和geom_cladelabel不能用于unrooted树。详见：https://github.com/GuangchuangYu/ggtree/issues/118
我表示这确实是不行的，然后这就变成了feature request。我继续表示unrooted tree在ggtree中的实现并不好，我只实现了equal angle algorithm，在写注释图层之前，如果我有时间的话，我希望可以先实现更好的layout algorithm。
然后JustGitting表示，他发现python的ETE和R的ape，在无根树的可视化上好像都不太行。问我有什么unrooted的layout algorithm，有没有什么参考文献，或许他可以帮忙实现，因为他觉得ggtree是最成熟的软件。
还记得《ggtree hex sticker》一文吧？画了几个六角贴，纯代码生成。时隔半年，原来的ggtree已经分成了treeio和ggtree两个包，而我也做了这两个包的六角贴，终于我花了289美元印了一大波贴纸+磁贴。
I have 8 packages published within the Bioconductor project.
A new package treeio was included in BioC 3.5 release.
With ggtree (Yu et al. 2017), it is very easy to create phylomoji. Emoji is internally supported by ggtree.
library(ggtree)
tree_text <- "(((((cow, (whale, dolphin)), (pig2, boar)), camel), fish), seedling);"
x <- read.tree(text=tree_text)
ggtree(x, linetype="dashed", color='firebrick') +
xlim(NA, 7) + ylim(NA, 8.5) +
geom_tiplab(aes(color=label), parse='emoji', size=14, vjust=0.25) +
labs(title="phylomoji", caption="powered by ggtree + emojifont")
想要分段标记bootstrap，比如0-70, 70-90, 90-100之类的。这个对于ggtree来说，太简单。
首先我们要读树，用treeio的read.newick，它和read.tree的不同之处是，加入了参数node.label，当node.label存的不是label，而是bootstrap等数字型的时候，你可以传入node.label='support'，这样它会把node label解析为support value，另存为树注释数据，而不是和tip label混在一起。label变量只能存为字符型，因为和tip label混了，而字符型会让数字操作稍微复杂点。所以我们要用read.newick。
tree <- read.newick("RMI.phy_phyml_tree_rooted_labeled.txt", node.label='support')
root <- getRoot(tree@phylo)
p <- ggtree(tree, color="black", size=1.5, linetype=1, ladderize=TRUE) +
ggtitle(label="Figure A") +
geom_tiplab(size=4.5, hjust = -0.060, fontface="bold") + xlim(0, 0.09)
