有小伙伴在说可以用par(mar)来设置画图的margin，但不能应用于ggplot2，这个可能很多新手都会很困扰，可能需要一段时间的探索之后，才能发现原来是用theme来设定。
这当然你可以归结于说ggplot2和base plot是不同的东西，但从实质画图参数这一点而言，并没有什么同与不同，无非是设置的方式不同而已，而这种方式都是人定义的，我们完全可以人为定义它们兼容。
Hello all,
When I plot some data using ggtree, the out groups are on a very long branch length. The out groups are 75 and 76 in the example below.
I would like to keep the out groups in the tree but ignore their branch lengths to make presentation easier.
话说有一只蛙，它旅游去了广东，游戏结束。
这篇文章，只想跟大家讲一讲ggtree，你值得拥有的强大的进化树可视化软件，高颜值的图，就在于指尖几行代码中。
最近养蛙很流行，就以蛙为例，读树用read.tree，然后一个ggtree的指令，树就画出来了。而你见证神奇的时刻就在于你不断+geom_xxx加图层，这里我用了geom_tiplab来加taxa label，而这个可不仅仅是名字哦，用emoji也可以，这里我用的竟然是图片，你没看错，也可以。只要指定geom="image"就OK，那个本来要打的文本，就会被当成是文件名，然后读图片画图片，一切尽在我的ggimage包。
之前我发表读书笔记《主成分分析》
这可能是你见过最好看的PCA图了，有人在「宏基因组」群里问有没有什么包可以画？像这种提问，我以前是吐槽过的，请猛击《如何画类似MEME的注释序列》，当然说什么都没用，大家就是喜欢凡事问有包吗？因为包治百病嘛，不信你送个包给你女票试试！
jimmy回答说ggbiplot可以画差不多的，于是「宏基因组」公众号立刻就出来一篇《ggbiplot-最好看的PCA作图：样品PCA散点+分组椭圆+变量贡献与相关》，后面又有人提问，能不能加两个置信区间？@Chenhao童鞋就给出了解决方案，并且写了篇博客文介绍.
他的作图是基于ggord包，只能应用于LDA，于是「宏基因组」公众号又跟进发一篇《比PCA更好用的监督排序—LDA分析、作图及添加置信-ggord》，你会发现他们介绍同一类型的作图，一会这个包，一会那个包，一会某包有A功能，某包又有B功能，我就不说什么了。
圣诞节期间，一个个在@微信官方，要加圣诞帽，这让人想起了以前：
今天是马化腾的生日，转发5个群，自动开通一个月的QQ会员
这班玩QQ长大的孩子，现在变成了玩微信的油腻中年了。
做为biobabble公众号的粉丝，我觉得你们是有能力用两三行R代码来给自己加个帽子的。由于我在过圣诞节，所以这篇文章没有能够及时推送出来，就当马后炮吧，不合时宜地调侃一下大家。
meme无非是照片上加两行字，meme这个包本来是练手之作，用来模拟ggplot2的api。结果我后面又实现了字体阴影效果，这次我又带来了外部字体支持。
加载外部字体在R上面主要有extrafont和showtext两个实现，特别是showtext用起来还是非常简单的。我在meme包里写了font_import函数，内部就是用showtext，只是简单的包装了一下，这样小白用户可以直接下个字体就开撸。有阴影效果，有搞笑字体，就万事具备了，这俨然是个专业的meme工具了。
取子集对于进化树可视化来说是非常常见的，我们要区分内部节点和外部节点，我们也可能想针对某些特点的节点进行注释。
ggplot2现在所有图层都不支持直接取子集，所以呢ggtree就自己定义了一些修改的图层，包括geom_text2, geom_label2, geom_point2 和 geom_segment2，这些图层和ggplot2的版本唯一差别就是支持取子集。这样对于我们做注释来说，就更方便了。
比如说我想给内部节点打点，可以用：
ggtree(tree) + geom_text2(aes(label=label, subset=!isTip), hjust=-.2) +
geom_point2(aes(subset=!isTip), color="red", size=3)
