正如我在「知识星球」里说的，scholar这个包现在已经死了，因为作者不维护了，除非出现接盘侠。我自己fork了一个，打了补丁，现在是可用的。这个包应该说我用得蛮多的，你看我简历里的引用数柱状图，我不会无聊到过一段时间就去查，然后重新画图的，太low。都是自动化的，我到简历目录下打make指令，就会自动去爬数据、重新画图并生成简历，而我啥都不用干。
在很久很久以前，当我还在用perl的时候，有一个TGen-EUtils的perl模块，可以去爬PubMed，我喜欢用它来画所谓的pubmed趋势，比如说我在2012年的时候，就画了各个组学技术的pubmed趋势，通过每一年的文章发表量来看某个技术到底火不火，走势怎么样。
当年microarray还特别猛，但显然可以看到二代测序必须要火，也可以看到proteomics在吹了几年牛B之后，有回落的趋势。
After the release of meme package, I received several feedbacks from users.
The most usefule one is the comment on my blog post:
Greetings Mr. Yu,
I am very happy that this package exists. Thank you for making it! I would like to request a feature, to ensure the package is able to compete with professional meme-creation tools like memegenerator and paint.net. Since memes often use the font Impact, in white and with black outline, I believe the package would be more powerful if it also did that automatically.
Regards,
The words, ‘compete with professional meme-creation tools’, stimulated me to develop text plotting with background outline effect.
Now this feature is available in meme v>=0.0.7, which can be downloaded from CRAN.
I developed a tiny toy package, meme, which is now on CRAN. As it’s name indicated, it was designed to create memes, which are captioned photos that are intended to be funny, riduculous.
meme()
The package is quite simple. You can use meme() function to add meme captions, and this is all the package supposed to do:
library(meme)
u <- "http://www.happyfamilyneeds.com/wp-content/uploads/2017/08/angry8.jpg"
meme(u, "code", "all the things!")
据说1024是程序员的节日，就在这一天，Y叔开始了第一次的网络讲座，首次在网络上露面。内容就是上一周预告的《线上沙龙》。
很多人想要学ggplot2 + ggtree，但我的定位不是技术性的培训，而是学术讲座，所以一开始把问题摆出来，是有一些问题存在，有knowledge gap，然后我要去解决它。当然考虑到听众的knowledge gap也很大，我在介绍ggtree的之前，也帮大众撸了一篇R的画图，在这简短的时间里，你应该了解了R几个画图系统的关系，base和grid我在slides里写graphic system，但lattice和ggplot2我写的是data visualization system，我对它们是有区别对待的，像lattice和ggplot2自己是不成一体的，但提供了高阶的数据可视化方法/语法。听完讲座你也应该了解ggplot2，知道要怎样去入门，知道重点该学什么。
下面这张吐槽LaTeX的图，太深得我心。
而ggplot2这种文本跑出界的事情，也太常见，以至于我在ggtree的FAQ专门指出来，要用xlim给x轴分配多点空间，这是由于数据是数据空间，而文本是像素空间。你画图的画布由数据空间决定，然后文本就从指定的位置（除了坐标，还取决于你align的方式和adjustment微调）开始打出来，一不小心就打出界了。这一点我在FAQ里，除了告诉你用xlim解决之外，我也给出了上面的解释，所以我一直强调，不要以为我在教ggtree，我其实是在教ggplot2。
后面就有人问了ggplot2字体溢出的事情，他所遇到的溢出，似乎更不应该发生，因为是坐标轴上的字体溢出，然而产生的原因是一样的，解决方案也是一样的，请用力猛戳《ggplot2字体溢出的那点破事》。
大量的生信公众号在各种linux入门、perl入门、python入门、R入门、软件安装、跑跑示例代码、流程。我自己平时根本不会去看这些生信号，在《s01 - Counting DNA Nucleotides》一文发出去后，就被爪哥说不能跟着走低端路线，囧rz…
还好我多半写的是自己的东西，目前还没有掉进「低端」的坑里，今天继续画图，唯有赏心悦目的图能抚慰人心。
我写了一个包叫《ggimage：ggplot2中愉快地使用图片》，从此图上嵌图（ggplot对象）或图片变得轻而易举。某一天写着玩，写了个《geom_pokemon: 使用pokemon画图》的图层，引起了人民群众的尖叫，国外有妹纸用来可视化NBA数据《大开眼界+多图慎点：Pokémon x NBA and other fun with ggimage》，国内有汉子用来可视化复旦大学考研的报考专业《你的专业是那一只Pokémon神兽？》。
