圣诞节期间，一个个在@微信官方，要加圣诞帽，这让人想起了以前：
今天是马化腾的生日，转发5个群，自动开通一个月的QQ会员
这班玩QQ长大的孩子，现在变成了玩微信的油腻中年了。
做为biobabble公众号的粉丝，我觉得你们是有能力用两三行R代码来给自己加个帽子的。由于我在过圣诞节，所以这篇文章没有能够及时推送出来，就当马后炮吧，不合时宜地调侃一下大家。
meme无非是照片上加两行字，meme这个包本来是练手之作，用来模拟ggplot2的api。结果我后面又实现了字体阴影效果，这次我又带来了外部字体支持。
加载外部字体在R上面主要有extrafont和showtext两个实现，特别是showtext用起来还是非常简单的。我在meme包里写了font_import函数，内部就是用showtext，只是简单的包装了一下，这样小白用户可以直接下个字体就开撸。有阴影效果，有搞笑字体，就万事具备了，这俨然是个专业的meme工具了。
取子集对于进化树可视化来说是非常常见的，我们要区分内部节点和外部节点，我们也可能想针对某些特点的节点进行注释。
ggplot2现在所有图层都不支持直接取子集，所以呢ggtree就自己定义了一些修改的图层，包括geom_text2, geom_label2, geom_point2 和 geom_segment2，这些图层和ggplot2的版本唯一差别就是支持取子集。这样对于我们做注释来说，就更方便了。
比如说我想给内部节点打点，可以用：
ggtree(tree) + geom_text2(aes(label=label, subset=!isTip), hjust=-.2) +
geom_point2(aes(subset=!isTip), color="red", size=3)
正如我在「知识星球」里说的，scholar这个包现在已经死了，因为作者不维护了，除非出现接盘侠。我自己fork了一个，打了补丁，现在是可用的。这个包应该说我用得蛮多的，你看我简历里的引用数柱状图，我不会无聊到过一段时间就去查，然后重新画图的，太low。都是自动化的，我到简历目录下打make指令，就会自动去爬数据、重新画图并生成简历，而我啥都不用干。
在很久很久以前，当我还在用perl的时候，有一个TGen-EUtils的perl模块，可以去爬PubMed，我喜欢用它来画所谓的pubmed趋势，比如说我在2012年的时候，就画了各个组学技术的pubmed趋势，通过每一年的文章发表量来看某个技术到底火不火，走势怎么样。
当年microarray还特别猛，但显然可以看到二代测序必须要火，也可以看到proteomics在吹了几年牛B之后，有回落的趋势。
据说1024是程序员的节日，就在这一天，Y叔开始了第一次的网络讲座，首次在网络上露面。内容就是上一周预告的《线上沙龙》。
很多人想要学ggplot2 + ggtree，但我的定位不是技术性的培训，而是学术讲座，所以一开始把问题摆出来，是有一些问题存在，有knowledge gap，然后我要去解决它。当然考虑到听众的knowledge gap也很大，我在介绍ggtree的之前，也帮大众撸了一篇R的画图，在这简短的时间里，你应该了解了R几个画图系统的关系，base和grid我在slides里写graphic system，但lattice和ggplot2我写的是data visualization system，我对它们是有区别对待的，像lattice和ggplot2自己是不成一体的，但提供了高阶的数据可视化方法/语法。听完讲座你也应该了解ggplot2，知道要怎样去入门，知道重点该学什么。
下面这张吐槽LaTeX的图，太深得我心。
而ggplot2这种文本跑出界的事情，也太常见，以至于我在ggtree的FAQ专门指出来，要用xlim给x轴分配多点空间，这是由于数据是数据空间，而文本是像素空间。你画图的画布由数据空间决定，然后文本就从指定的位置（除了坐标，还取决于你align的方式和adjustment微调）开始打出来，一不小心就打出界了。这一点我在FAQ里，除了告诉你用xlim解决之外，我也给出了上面的解释，所以我一直强调，不要以为我在教ggtree，我其实是在教ggplot2。
后面就有人问了ggplot2字体溢出的事情，他所遇到的溢出，似乎更不应该发生，因为是坐标轴上的字体溢出，然而产生的原因是一样的，解决方案也是一样的，请用力猛戳《ggplot2字体溢出的那点破事》。
